align genomic features with phylogenetic tree
biostars上有人问，如何画出下面这种图，把alignment和进化树对齐画在一起。
这个一点都不难，我可以写一个geom来画这个alignment，然后上facet_plot来对齐。
但我不想重新造轮子，因为ggbio包有很多geom画genomic data，我希望ggtree和ggbio可以互作，这也是R的可爱之处，软件包之间可以互补，让对方更加完整。
以下是基因BRCA1和NBR1的位置信息：
library(ggbio)library(biovizBase)
library(Homo.sapiens)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
data(genesymbol, package = "biovizBase")
wh <- genesymbol[c("BRCA1", "NBR1")]
wh <- range(wh, ignore.strand = TRUE)
gr.txdb <- crunch(txdb, which = wh)
## change column to model
colnames(values(gr.txdb))[4] <- "model"
grl <- split(gr.txdb, gr.txdb$tx_id)
set.seed(2016-10-25)
names(grl) <- sample(LETTERS, size = length(grl), replace = TRUE)看不懂上面的代码没关系，这个grl画出来是这样子的：
ggplot() + geom_alignment(grl, alpha=.5)ggtree定义的facet_plot可以很容易地将各种geom画在右侧分面上，并自动调整位置与进化树对齐。但它要求输入的数据是data.frame，而这里grl是一个GRangesList对象，于是我更新了facet_plot，让它支持geom_alignment，在这个过程中，我发现了ggbio的一个bug，并向Michael提交了一个补丁，这个补丁打在了ggbio 1.23.2上，所以你的ggbio版本必须>=1.23.2才行。
做为演示，让我们先展示一颗随机树：
library(ggtree)
n <- names(grl) %>% unique %>% length
set.seed(2016-10-25)
tr = rtree(n)
set.seed(2016-10-25)
tr$tip.label = sample(unique(names(grl)), n)
p <- ggtree(tr) + geom_tiplab()这树画出来，是这样子滴：
好啦，有了facet_plot的更新和ggbio的补丁，要画树和alignment，那是相当容易：
facet_plot(p, 'alignment', grl, geom_alignment,
inherit.aes=FALSE, mapping=aes())只需要上面这一句，下面这图就生成了：
别看这文章中代码多，其实多半是生成这个演示数据，核心代码来画这个树就是：
#假如我们有一颗树tr, 和一个基因位置信息的数据grl
p <- ggtree(tr) + geom_tiplab()
facet_plot(p, 'alignment', grl, geom_alignment,
inherit.aes=FALSE, mapping=aes())只此两句，第一句画树，第二句画alignment并对齐。
PS:mapping=aes()在这里是必须的，因为默认的mapping=NULL不被ggbio支持。
PS2:目前我只测试了geom_alignment，它支持GRanges和GRangesList对象，其它的ggbio定义的geom不一定支持，如果发现不支持，欢迎反馈给我，我可以努力让它们基友友情更牢固🤔