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无中生有windows版R包

2017-03-13 Y叔 biobabble

之前帮助高老师实现比对序列的做图,把代码打包为R包seqcombo,方便安装使用。花两小时的作品,发现还有些用户在使用 -,-

之前有人联系我说安装不上,我觉得不应该有这个问题,因为是纯R代码代码,不涉及到编译,源码包安装不应该有问题。但既然有人问,又都是windows用户,我想可以给他们提供编译好的windows包,简化安装过程(这么体贴用户,我都要被自己感动了)。

放在CRAN或Bioconductor上的R包,CRAN和Bioconductor会编译出不同平台的二进制包,但seqcobo放在github上,只有源代码,没有预编译好的包,但没有不是问题,我编译好放上去就行了。

但问题是我没有windows!多年来一直是OSX和linux,MacBook Pro跑Arch Linux,一台iMac跑OSX,我自己根本没有跑windows的机器,所以难为无米之炊,借台机器总是有的,但总不能每次一更新,就拷个代码去别人的机器上打包,再拷回来上传到网上,想想也是蛋疼。

所以没有windows,这事干起来还不太容易,!在想怎么来无中生有生出个windows包出来的时候,我想起了rhub,也是因为没有windows,之前就用rhub来进行windows平台的R check,在把代码push到CRAN或Bioconductor之前,我总会测试没问题了,再提交代码过去,而rhub正好可以给我提供windows平台的检测。

在R check完之后,rhub会把check之前build的包存起来,正是这一点,为我们提供了这无米之炊,这时候我就可以下载它来放到我的repo里,这也算是一个变通的办法。

然而,我要等它check完,再去下载,放到repo,push到github上,动作太多,太繁琐,所以必须写代码让它自动化起来。

于是写了Makefile:

windows:    Rscript -e 'rhub::check_on_windows(".")' addtorepo: windows    Rscript -e 'drat:::insert("../$(PKGNAME)_$(PKGVERS).tar.gz", "../drat/docs")';\    Rscript -e 'drat:::insert(ypages::get_windows_binary(), "../drat/docs");\    cd ../drat;\    git add .; git commit -m '$(PKGNAME)_$(PKGVERS)'; git push -u origin master

我只要make addtorepo一条指令,它就会自动运行传到rhub的windows平台check我的包,check结束后,下载rhub平台编译的包,然后用drat:::insert来把它放到合适的位置,并生成相应的文件(如包的依赖关系、md5sum等),再把它push到github上去。

这里我用了一条ypages::get_windows_binary()指令来检验rhub check是否结束,如果是则把编译的包下载到临时文件,并作为输入传到drat:::insert

ypages也是一个R包,我用来搞github pages的私人定制包,比如我各种包的主页上那些badge图标,显示下载量、版本号、文章引用数目等相关信息的图标,都是通过ypages自动生成的,没有放出来,所以细节不在这里讲,这里主要介绍一个思路,利用rhub云平台来编译windows二进制包,放入私人repo供用户下载安装,通过makefile自动化这一过程。Makefile才是最通用的可重复性研究工具,你值得拥有。

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