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纯文本可视化FASTQ质量数据

2017-06-02 Y叔 biobabble

一早曾老师就来发github repo,虽然有意思,但在我看来就是乱用emoji,用一个人类不可读(你怎么能够记住表情如何与数值对应上?!)来表示另一个人类不友好(质量编码)的数据,这绝对不是个好主意。


这只是代码中对应关系中的一部分,你看表情能看出FASTQ数据质量如何?你做得到,我算是服了!

可视化我们有很多方法,但这其实不是可视化,而是一长串字符,这本身是好想法,我们可以在console里直接看一下,大概了解下数据质量,而不需要真正去画图。

现在终端上能显示的字体已经非常多样化了,比如:

所以我们完完全全可以用文本的形式画个柱状图出来,甚至于加上颜色!测序质量怎么样?用柱状图有高低可以看,用emoji根本就不适合, 和#$&@!~这些有甚区别么!

做为回应,我写点简单的代码,你给个fastq文件,就可以画出来柱状图:

这图就可以看到,前面质量很好,尾部差一点。

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