安装enrichplot及升级clusterProfiler
在上周五发表了《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔》文章之后，很多人就去尝试了，然后我后台消息就有很多人问“没有出口”的问题。
>library("DOSE")
DOSE v3.5.1 For help: https://guangchuangyu.github.io/DOSEIf you use DOSE in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Guang-Rong Yan, Qing-Yu He. DOSE: an R/Bioconductor package for Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis. Bioinformatics 2015, 31(4):608-609>library("clusterProfiler")
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’:
'namespace:DOSE'没有出口‘dotplot’这个对象
>library("ReactomePA")
错误: package or namespace load failed for ‘ReactomePA’:
'namespace:DOSE'没有出口‘netplot’这个对象
有这样的问题，其实我挺奇怪的。
第一，你升级了DOSE（你自己安装了github版本，或者安装github版本的enrichplot顺带把DOSE给升了），在升级之后clusterProfiler加载有问题，这问题难道不是很明显吗？升级完之后不兼容，难道你不觉得应该试一下把clusterProfiler也升级为github版本吗？
第二，你都试了加载DOSE没问题了，那就不要说DOSE有问题（有很多人后台跟我说DOSE升级了就出错了，一点错都没有），问题明显是clusterProfiler加载时出现的，那么就是clusterProfiler的问题，而这个问题的产生，源自于你升级了DOSE，于是回到第一。
第三，错误说DOSE没有出口dotplot，且不说这中文翻译怪别扭，显然你安装了enrichplot，看了我的文章，那么你应该知道，clusterProfiler现在用了enrichplot中的dotplot，而原先在DOSE中的dotplot已经搬到enrichplot里了，显然你装的clusterProfiler没有相应更新，还去DOSE包中找dotplot，而DOSE已经被你升级了，于是找不到了，难道你不觉得应该回到第一更新一下吗？
--> 我觉得大家做科研，这点逻辑还是应该有的！
其实你可以简单地安装github版本的clusterProfiler
devtools::install_github("GuangchuangYu/clusterProfiler")
那么它会更新DOSE，且自动安装enrichplot，啥事都没有。
要么就等五月初Bioconductor发布新版本，那么到时候你安装的发行版就是用enrichplot来可视化的。
PS：后台经常有毫无逻辑的问题，且重复被很多人问，问问题前最好是读过《how to bug author》，当然回不回答完全看心情，真心没时间精力重复回答各种不经思考的提问，如果真的是急，在线等，请移步知识星球。