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文章发表:ggbreak让你更好地利用画图空间

Y叔叔 YuLabSMU 2022-09-21

五月份参加答辩,顺道又介绍了一下ggtree的工作,在会上被问到如果树有分支特别长的话,能不能截断,我回答可以,但麻烦点。当我回到座位上的时候,我就在想,应该有可以不麻烦的手段,而且这似乎很重要,因为我们吐槽截断坐标轴的时候,总是说取个log就行了,但不见得是log normal分布啊,而且这个树分支的实例让我想到,outliers就是outliers,而且是有意义的,这时候截断是很好的可视化方式。带着这个问题,第二天晚上带孩子的时候,就想到了完全兼容ggplot2的方式,发了条公众号,看看大家的需求,第二天早上开搞,一下子就实现了,兼容ggplot2,可随意加图层

接下来就是学生上场填坑,搞搞细节,并且我提出来要截断长图,以及要切图以放大或缩小局部,一一并实现,又过了两周,上线CRAN

放了两个月,8月份让学生写文章,9月份投出去,10月份接收,11月全文online,从始至终,这是目前我们团队发得最快的一篇文章,当然还能够更快一些,没破我个人的记录。

学生写的文章,在里面用了4个例子,这几个例子找得很好,能够很好的诠释这个包的功能,以及它对于生物学数据解析上的辅助。

例子一:截长图

长图是不适合于在纸上打印的,那么截断它,画成几行,不就行了。

例子二:截坐标

有outliers,看不清局部,截个坐标,就解决了。

例子三:局部放大

诸如曼哈顿图,火山图这些,我们关注的就是那些outliers,能不能放大局部?起码你标记起来方便多了。

例子四:还是截坐标

来个大家最常见的柱状图,顺道和log转换的比较一下。因为例子都比较简单,所以在此处顺道来个,截断后,随意加图层的实例。

功能和代码

功能就是几个scale函数,代码就是随意使用加号给+上去。

最初学生给文章取的题目是优雅地设置坐标轴截断之类的,文章的内容上前后都偏向于讲outliers,没有把截长图和局部放大很好地拢在一起,

我改后的题目就变成:

而摘要里的这句话,基本上就是我的主旨:

The ggbreak package increases the available visual space for a better presentation of the data and detailed annotation, thus improves our ability to interpret the data.

以这样的出发点来写,把所有东西拢在一起,且把我们做的事情给拔高了一下。

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