巴塞尔报告（第十期，2022年12月19日）

各位晚上好。

久违的巴塞尔报告终于又登场了。

（上一集请见：《巴塞尔报告（第九期，2022年11月19日）》）

这次拖稿，主要还是因为Cornelius小哥那边放鸽子，

（年底休假，各位懂的……）

然后咱作为搬运工也迟了两天，

还请各位海涵……

下面直接开始品鉴。

第一部分，概貌

• 益生菌19大家族的多样化趋势仍在继续。回顾过往，最后一个全球流行株居然是BA.2。

• 在BA.2逐渐退场之后，不同地区的变异株分布开始差异化。其中BA.5在除了南亚之外的其他地区取得了优势株地位，但在南亚，BA.2.75则成功排挤了BA.5。

• 当BQ.1*家族刚刚在非洲、欧洲和北美洲登陆时，曾经表现出非常明显的相对增长优势，然而现在BQ.1*在欧洲和北美各地的流行率一直维持在25%到75%的平台，没法继续增长。

• XBB*家族取得了南亚地区的流行株地位，但在蔓延到其他地区时却没能续写辉煌。比如，就算XBB曾经成功成为坡县的优势株，但最终的流行率却只是在50%左右徘徊。

• 近期BA.2.75家族的最新成员（如CH.1.1和BN.1.3）在欧洲和北美的增速已超过BQ.1家族，但没法取代后者成为流行株。

总体来说，现在全球的变异株内卷并没有一个明显的赢家，反而进入了一个持续发生抗原演化的动态均衡。或者具体而言：

这种抗原演化足够快速，以至于每个新发变异株都只能活跃几个月就会功成身退；

但同时，这种抗原演化又表现出很高的异源同形性（homoplasic），以至于变异株之间的新老交替不再引发夸张的大爆发，而是引发更频繁的小规模爆发；同时再也没有单一的变异株足以成为全球主流株。

拍老师的画外音：咱帮Cornelius小哥举一个生动的例子吧……请见下图：

最近BQ.1*在坡县相对于当地主流毒株（XBB.1）有明显增长优势（左图）；
与此同时，XBB.1.5在美帝相对于当地主流毒株（BQ.1*）也有明显增长优势（右图）。

战术换家了可以说是……

第二部分，快速增长的变异株

CH.1.1（即BA.2.75加额外的刺突蛋白R346T、K444T、L452R和F486S）：

• 倍增时间约一到两周；

• 12月初的全球流行率约5%；

• 主要在新西兰、泰国和英国流行，占比分别为~20%、~10-20%，以及~5-10%；

• 拍老师的画外音：还有香港……

XBB.1.5（即XBB加额外的刺突蛋白F486P）：

• 倍增时间约一周（或更短）；

• 12月初的全球流行率约1%；

• 主要在美国纽约及东海岸地区流行，其中在纽约的占比已达到了~10-20%。

  
  

BQ.1*加额外的刺突蛋白Y144del和R346T：

• 倍增时间约两周；

• 12月初的全球流行率约10%；

• 主要在欧洲地区流行，占比约20%，但在美国的占比只有2%左右。

  
  

第三部分，其他值得关注的变异株

XAY：

• XAY是Delta和Omicron的重组株（详见：《近期变异株动态小结，印度·南非·特别篇》）；

• 从2022年6月份开始，XAY在南非一直维持在1-5%左右的流行率；

• 2022年9月，XAY首次在丹麦现身，之后一直以差不多每两周翻一倍的速度增长，现在已经在丹麦达到了2%左右的流行率；

• XAY在欧洲以及世界其他地方有零星检出，并且最近有频率增加的趋势；

• XAY和当前其他所有变异株的区别在于，它的刺突蛋白部分没有发生任何明显的抗原演化。

• 拍老师的画外音：Cornelius小哥认为XAY在丹麦保持稳定增长的可能原因，是丹麦当初没有经历过BA.1爆发……对此咱表示看不懂。

BA.2.3.20：

• BA.2.3.20是起源于菲律宾的跃迁演化毒株（详见：）；

• 12月初的全球流行率约1%；

• BA.2.3.20的子分支CM.8.1，目前在全球的增长速度约为每两周倍增一次；

• 可能是由于拥有特征定义突变S:E484R的上位效应，BA.2.3.20家族多次独立演化出罕见的刺突蛋白G485D突变。

第四部分，新的趋同演化热点位点：S:F486P

• 上面提到过一嘴的S:F486P突变，似乎可以给当前的变异株带来显著增益，差不多每周50%左右的额外增长优势，比当初的S:R346T更明显。

• 已经取得S:F486P突变的变异株包括：XBB.1.5、XBJ重组株、XAY、XBC和CH.3。

• 由于BA.5的骨架限制，BA.5家族成员获得S:F486P的难度明显更高。因此整个BA.5家族都有可能在中长期被其他家族取代。

以上，搬运完毕。

今天咱忙着照顾小阳人儿们去了，没啥时间扩写~

明天看有没有空，在这期巴塞尔报告的基础上夹带一些私货吧。

原文传送门：

https://github.com/neherlab/SARS-CoV-2_variant-reports/blob/main/reports/variant_report_latest_draft.md

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