[留言讨论专区] 今日果·昨日因（2023年复刻版）
各位新年快乐！
话说，之前咱写过一系列关于持续感染事件与阴间变异株的贩焦文，详见：
这个系列早在去年2月份就陆陆续续在写了~
但可能是因为其中主题过于悲观？
或者概念过于超前？
又或者各位老铁当时缺乏感同身受的阅读场景？
总之虽然是咱比较喜欢（以及拿手）的话题，
但前面几集却都不温不火的，
阅读量和点赞数双双拉胯……
不过呢，正好前两天这方面有一篇重磅研究新鲜出炉，
而且吧，时过境迁，各位老铁如今的心态，可能也跟一年前有一丢丢区别~
所以干脆就把这个系列给续上一集吧，
希望各位这次能有一些新的体会。
在正式开始搬运重磅paper之前，先简单总结一下之前的几集。
第一集请见：《今日果·昨日因》，太长不看版总结：
从2020年底直到现在，每一款拿到专属希腊字母称号的VOC和VUI，以及其他每一款有威胁但没能拿到专属称号的屁民变异株（比如C.1.2或者B.1.630这类），它们全部都是在各自的直接祖先过气6个月到16个月之后，突然冒头的，毫无预兆；
这些VOC/VUI或者屁民强者，全都没有经过部分流感专家心心念念的“抗原漂变”（antigenic drift），而是采用一种“偶发快速突变”（episodic accelerated mutation），或者又叫“跃迁演化”（saltation）的模式，迅速突变出全身上下的阴间变异，然后一面世就大杀四方、一桶浆糊；
而那些不走“偶发快速突变”模式，反而老老实实搞抗原漂变的分支，哪怕手气绝佳，逐渐累积出10%甚至20%的相对增长优势（比如AY.4.2），也难逃背景板的宿命，被层出不绝的阴间变异株拍死在沙滩上……直到2022年9月份，市面上才第一次出现由抗原漂变模式主导的主流变异株（即BQ.1*家族）；
所有这些发生“偶发快速突变”的阴间变异株，它们的练功房大概率是免疫缺陷病例（而小概率是动物宿主）。只要上一波爆发时，这些特殊宿主被种下了恶因，那么6个月到16个月之后，就必然会有恶果萌芽而出；
很可惜，只凭打疫苗，仍然没法打断这种“今日果昨日因”模式的恶性循环。
第二集请见：《今日果，昨日因（掉书袋版）》，太长不看版总结：
之所以新冠病毒的变异株迭代，不走流感病毒那种抗原漂变为主/抗原转移为辅的"常规"演化模式，而是采用更少见也更飘忽不定的跃迁演化模式，原因之一在于其无比狭窄的基因瓶颈；
抗原漂变的变异模式必须依靠连续的跨宿主传播实现，而新冠病毒跨宿主传播的瓶颈很窄，于是抗原漂变的变异模式（相对于跃迁演化模式）更不容易累积出优势突变组合；
所以后果就是，那些呼哧呼哧通过抗原漂变逐渐累积优势变异的分支，每隔几个月到半年左右，就会被突然不知道从哪个嘎达里冒出来的阴间变异株迅速拍死在沙滩上，成为被人遗忘的背景板……这一点直到2022年下半年，才因为宿主这边的抗原原罪效应拉偏架，而稍微有所改变。
第三集请见：《今日果·昨日因（重制版）》，太长不看版总结：
这一版算是前面两版的重新表述~
咱偷了个懒，直接用推特截图，搬运了一大波大佬的观点，说明了新冠病毒之所以和流感病毒不一样，之所以喜欢走跃迁演化的模式实现流行株频繁交替，根本原因在于新冠病毒更容易形成长期持续感染，并且组织嗜性更广，于是可以利用宿主体内不同的器官/组织来同时发生演化，平行演化出多种不同的变异株。
第四集请见：《今日果·昨日因，来自《Nature》的实锤》，太长不看版总结：
在咱连续写了三集《今日果·昨日因》之后N久，后知后觉的《Nature》终于搞了一个相同主题的大篇……
新冠病毒在传播方面，选择走呼吸道病原体空气传播唯快不破的路线，但在适应性演化方面，则走上了依靠持续感染憋大招实现流行株快速交替的邪道……
正如《Nature》这篇文章采访的爱丁堡大学演化生物学家Verity Hill老师所说：“现在所有这些不受控的巨大感染波峰，都是在为下一波全新VOC播撒种子。”
这是由牛津大学大数据研究所、Sanger研究所新冠病毒监测组，以及COG-UK新冠病毒基因组学联盟一起发表的重磅研究结果， 虽然暂时只是预印本状态，但由于作者列表过于牛鼻，所以应该不会有啥偏差…… 这篇预印本的标题已经说得够详细了——研究人员首次通过基因测序监测的手段，发现了大量（high number of）持续感染病例； 具体而言，咱们已经知道，英国ONS从2020年8月份开始，一直在搞月度感染监测，也就是在全英范围内抽样募集受试者，然后定期给他们做核酸检测，以了解人群感染动态； ONS月度感染调查的受试者们，在入组第一个月要连续做四次核酸，之后每个月做一次核酸——然后COG-UK的研究人员把其中一部分做了全基因组测序。于是通过前后比对每一位受试者的测序记录，就可以得知是否发生了持续感染（或者重复感染）。
研究人员掐吧掐吧之后，一共分析了7.5万份左右测序记录； 分析结果显示，至少381人持续感染超过26天（占比0.5%）； 其中至少54人持续感染超过56天（占比0.07%）； 在所有持续感染者中，至少有11人可能跟续发传播事件有关联； 在发生主流毒株交替之后，大约有8-9%的持续感染者体内仍然保留有上一代毒株； 本研究持续感染时间最长的记录是193天（对应毒株是BA.1）； 在381名持续感染者当中，至少有65人发生了复阳（或者说间歇排毒）——所以之前吴尊友老师说的是对的——那些对吴老师群起而攻之的煞笔们，要不要站出来道个歉？ 有趣的是，大约70%的持续感染者，至少在前26天时间内，体内病毒几乎没有发生突变，或者说突变速率远远低于理论值，也低于体外传播时正常观察到的情况——这可能说服体内病毒在这段时间内并没有发生大量复制（因为一旦复制就会有突变），而是处于一种神秘的潜伏驻留状态； 重点来了……总的来说，研究人员持续感染相关的测序记录里发现了很多跟各代VOC撞衫的特征突变，以及不少逃逸各种单抗的突变。