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巴塞尔报告(第十三期,by Nekromanzer)

拍老师 拍帮主的后花园 2023-06-12
本期的《巴塞尔报告》,由微博老铁@Nekromanzer老师搬运,鸣谢!
照惯例,格式有微调。
上集请见:《巴塞尔报告,第十二期》



第一部分,XBB
XBB家族的后代们正在全球范围内扩大优势。

一个月前XBB*家族之外的毒株还占据了30%左右的测序份额,到了4月初,已经被压制到了15%左右。

本月初美国的非XBB*毒株份额仅剩5%,日本和英国的非XBB*毒株仍然维持一定占比。

不过这个占比最高的还是国内,大约维持在了75%左右,尽管如此,整个东亚地区的XBB*测序占比还是在快速攀升。

S:F486P(T23018C, T23019C)这一突变目前已经占据了XBB*中的绝大部分,只有约5%的XBB*不含这个突变。

目前XBB家族的领先集团是:XBB.1.5*, XBB.1.9.1*, XBB.1.9.2*, XBB.1.16* 以及 XBB.2.3*。



第二部分,XBB.1.16
自打XBB.1.16称霸印度以后,就渐渐开始在全球爬升份额。

相较于同样具有S:F486P的XBB.1.5,它的一个优势似乎来自S:T478R (C22995A),如同S:F486P一样,478位点上的突变已经开始在越来越多的XBB*骨架上出现。当一个突变能够带来巨大的增长优势时,它就越有可能在其它流行的分支上独立演化出现,这样的趋同演化的盛况,各位想必此前已经在BA.5*家族的S:R346T(G22599C)上看到过了。

尽管XBB.1.16抓住了两个版本答案,但是其它的毒株仍有可能在其完成全球霸业前取而代之

在印度,XBB.1.16*差不多是在二月份开始展现大帝之姿的。
自那时以来,当地确诊病例增长了百倍。
但由于当地的变量(各种流行病)太多,很难界定XBB.1.16*到底产生了多大的波澜。

2021年的同一时间出现的Delta造成过类似的波动,当时的病例从2月初到4月底增长了40倍,或许激增的病例是季节产生的效应与这一新的变种共同导致的。

关于XBB.1.16的更多探讨,包括临床特性,请参考WHO在4月17日发布的初步风险评估(XBB.1.16 Initial Risk Assessment, 17 April 2023)



第三部分,XBB家族值得关注的突变
除了486P和478R两个版本答案,还有一些S蛋白上的突变值得关注,其中就包括了F456L(T22928C, T22930A)。
这一突变最早并没有展示出它被推算出的优势,但是随着宿主人群逐渐建立起了对于某些变异株的特异性免疫(或者说产生免疫印记了),它的威力开始逐渐显现,测序结果冒头的频率也开始上升。
截止目前它的相对增长优势还不算太明显(大约20%/周),但未来有可能上升。
(拍老师的画外音:关于S:F456L,可以参考《原罪,第九集》

此外,携带R403K或P521S突变的分支,市占率也在上升。其它相关突变就不一一列举了。



第四部分,XBB家族之外的变异株
对于XBB大家族之外的残余势力,目前仍需保持关注,因为这些变异株可能影响疫苗接种策略。
理论上来说,这些外围毒株的市占率越低,其份额被XBB大家族强取豪夺的概率就越大,宿主们的相对风险也就越低。


目前这个XBB大家族以外的小众变异株主要包括:

  • BA.2.75* (22D,主要是BN*与CH*), 大约占据5%,并以每周10~20%的速率退减。BN*的测序主要集中在韩国(BN.1, 约40%),而CH*的测序主要集中在欧洲(CH.1.1, 约5~10%);
  • BQ.1* (22E,主要是BQ.1.1*), 大约占据4%,并以每周20~30%的速率退减。测序主要集中在加麻大(10%)和日本(10%);
  • BQ*家族以外的BA.5亚谱系成员(22B,主要是BA.5.2.48*以及BF.7*),大约占据3%,并以每周10~20%的速率退减,测序主要集中在国内(BA.5.2.48*与BF.7.14*,约70%),以及日本(BF*, 约25%);
  • BQ.2.75*家族以外的BA.2*亚谱系(21L,主要是BA.2.3.20*)大约占据0.2%,并以每周5~10%的速率退减。测序主要集中在菲律宾(近期数据暂缺,但是2月份时大约占比50%,主要是CM.8.1*),以及日本(1%)和印度(0.5%);
  • XBC(”德尔塔克戎“)大约占据0.3%,并以每周10~20%的速率增加,测序主要集中在土澳(XBC.1.6, 约10%)以及菲律宾(近期数据暂缺,但是2月份时大约占比10%);
  • XAY(”德尔塔克戎“)大约占据0.1%,占比数据平稳,测序主要集中在丹麦(XAY.2, 约1%)以及德国(XAY.1.1, 约1%)。

    尽管未来看上去会是XBB大家族的天下,不过BA.2.75*仍然会继续存在,甚至还有可能像近期的XCC那样,与XBB*发生二次重组。


    此外也不能排除XBC、XAY或BA.2.3.20演化出差异更大的分支。



最后,附赠本期天梯榜。
老规矩,采用6月内测序数据,以原版XBB为基线,以相对增长优势的置信区间下限降序排列,手动增添文中提到的几个突变的均线。

鉴于这两周CCDC测得的非田园株变种越来越多,就不专门加粗了。至于田园株的排位,因为最近突然又开始传测序了所以名次均有所上升,但是放在国际大环境中仍然没有展现出竞争力。

——请品鉴:



以上,再次鸣谢Nekromanzer老师的辛苦搬运!
顺祝各位节日快乐啦~



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