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[变异毒株] 疯狂的BA.6(BA.2!)

拍老师 拍帮主的后花园 2023-10-24

各位晚上好啊~

今天咱们又来八卦一个阴间变异株吧。


这个神神秘秘的变异株来自以色列,

前几天其实已经在星球那边小范围抢跑过了


——请品鉴:

但由于当时序列还没上传到GISAID,所以不方便公开八卦。

不过刚才以色列卫生部终于把这个序列给公开了,

然后Shay桑也紧接着发了推~


——请再品鉴:

翻译成人话:

  • “这货到底能有多疯狂?”

  • “我们以色列某实验室刚刚上传了一条测序记录到GISAID”

  • “这条序列的宿主并不是长期感染者,传染给他的人也不是(也就是说这条序列对应的病毒具有人传人能力)”

  • “而且这条序列造型太阴间了,以至于让我不得不请教一些同行,来排除它是BA.6的可能性”


BA.6?

BA.6!

BA.6……


那么,这个让Shay桑这样见过大世面的人直呼BA.6的玩意儿,

它到底是什么造型呢?


下面咱就把星球那边的抢跑内容到公众号来,

让更多朋友一起来品尝焦虑的感觉


事情原委是这样的:

  • 以色列当地某病例因呼吸道感染症状(肺部感染、呼吸困难)住院,并检测阳性;

  • 这位男性在本次发病之前没有持续症状,病历记录显示他也没有基础病和免疫失调——而前以色列的测序策略,刚好是重点测这些没有基础病还重症住院的病例,所以才逮住了这个毒株(啧啧,以色列这检测和测序的准头,还可以啊); 

  • 流调显示,病例没有出境旅行史,进一步流调显示,这个病例发病之前,同住人当中有两位也出现过症状;

  • 更加进一步的流调又显示,病例刚好非常深入简出,上述两位同住人就是他几乎唯一的密接对象(啧啧,以色列这流调的本事,也还可以啊)


基于以上信息,Shay桑他们初步判断,这位病例不是长期感染突然发病,而是续发的急性感染。


或者说得更直白一点,是同住的两人之一传染了这位倒霉鬼。


并且,很不巧,对两位同住人的初步调查发现,她们之前的发病,很可能也是急性感染,而不是长期感染。


所以划重点了啊:不是长期感染不是长期感染不是长期感染~


这说明,今天将要八卦的这个阴间毒株,它很可能具有人传人能力。


那么这货到底长啥样,以至于让Shay桑他们大费周章呢?


下面解读解读。


这货相对于原始株有120个左右突变,相对于BA.2则有54个左右突变。


Nextclade跑分,按BA.2骨架来算的话,受体亲和度和免疫逃逸都不错, 其中:

  • 免疫逃逸1.20,作为对比,EG.5.1.6得分也才1.02,BA.2.38得分更是只有0.25;

  • 受体亲和度得分0.95(!),也算是非常高的水平了。


——两个跑分成绩请具体品鉴:


突变列表这是下面这种造型……


——请再品鉴:

复读一下刺突蛋白部分啊


16MPLF插入,T19I, R21T, 24/26del, S:A27S, S:S50L, 60/70del, V127F, G142D, Y144del, F157S, R158G, N211del, L212I, V213G, L216F, H245N, A264D, I332V, G339H, K356T, S371F, S373P, S375F, T376A, R403K, D405N, K417N, N440K, V445H, G446S, N450D, L452W, N460K, S:S477N, T478K, N481K, V483del, E484K, F486P, Q498R, N501Y, Y505H, A570V, D614G, P621S, H655Y, I670V, N679K, P681R, N764K, D796Y, S939F, Q954H, N969K, P1143L


总之就是突出一个亲妈不认吧~


至于演化树就不放了……Usher显然不太能够处理阴间程度这么高的玩意儿,树完全撸歪了不说,还有很多突变都直接给屏蔽了。


总之,为啥Shay要把这货称作“BA.6”呢?

主要是因为,他认为这货相对于BA.2的回复突变实在太多了,不太可能发生这么多回复。同时它还带了个BA.1的特征突变ORF1a:A2710T,但又没有明显的重组痕迹。

另外,Shay被“急性感染”、“发生了续发感染”这些信息影响了思路,觉得这货不是持续感染养出来的。

不过仔细一看的话,绝大多数回复突变都在刺突蛋白S1,所以也不是不可能的事……


而附属基因部分,怎么看怎么像是BA.2。


最后,最新的流调发现:两位早期出现过症状的密接之一,也就这位病例家的保姆,是印度人,并有印度旅行史。


于是局面一下子就打开了……


这货的骨架基本就是BA.2的造型,甚至还依稀有一点BA.2.38的影子。而当初BA.2在印度可是一桶浆糊大半年(BA.2.38更是印度特产)。


所以更大的可能,是BA.2(或者BA.2.38)长期感染憋出了阴间子毒株,并且不知怎么搞的恢复了传染性,还制造了输出病例,最终辗转到以色列才被发现。


—Shay桑最后的总结陈词如下:

翻译成人话:

  • “如果姑且认为这货是BA.2的二代跃迁变异株的话,那么它就一口气憋出来了18个RBD结构域氨基酸突变(包括3个回复和1个缺失)、一段4个氨基酸长度的插入,一大堆NTD结构域突变,以及传说中的P681R——这货到BA.2的突变距离,比到原始株还要远。”

  • “所以,请各位牢记,Omicron也不过是原始株的二代跃迁变异株罢了。谁知道Omicron再发生一次跃迁将会是说明造型?只要这类疯狂的阴间变异株还在市面上冒头(哪怕数量很少),噩梦就还没有结束。”


至于Shay桑所谓的“Things are not over”,

具体是指的什么事情呢?

那当然是这件事啦



以上,抢跑完毕。

各位明天见!




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