其他
R语言基础（一）
"pythonic生物人"的第84篇分享
本文简要梳理R语言的帮助函数、工作空间、IO、模块安装等基础知识。
本文速览
1、R中帮助函数
打开R帮助文档首页
查看模块ggplot2的帮助文档
输出某个函数demo
2、R中工作空间workspace常用函数
列出历史输入命令
保存当前工作空间
导入已保存的工作空间
获取当前工作路径
切换工作路径
退出R
3、输入与输出
windows下执行R脚本
R中将图形输入为pdf、png、svg、jpeg等格式
从R中导出数据保存为txt格式
从R中导出数据保存为excel格式
4、包安装
手动选镜像
options设置镜像
1、R中帮助函数
打开R帮助文档首页
help.start()
查看模块ggplot2的帮助文档
help(ggplo2)或者?ggplot2
输出某个函数demo
example(summary)
summry> summary(attenu, digits = 4) #-> summary.data.frame(...), default precision
event mag station dist accel
Min. : 1.00 Min. :5.000 117 : 5 Min. : 0.50 Min. :0.00300
1st Qu.: 9.00 1st Qu.:5.300 1028 : 4 1st Qu.: 11.32 1st Qu.:0.04425
Median :18.00 Median :6.100 113 : 4 Median : 23.40 Median :0.11300
Mean :14.74 Mean :6.084 112 : 3 Mean : 45.60 Mean :0.15422
3rd Qu.:20.00 3rd Qu.:6.600 135 : 3 3rd Qu.: 47.55 3rd Qu.:0.21925
Max. :23.00 Max. :7.700 (Other):147 Max. :370.00 Max. :0.81000
NA's : 16
summry> summary(attenu $ station, maxsum = 20) #-> summary.factor(...)
117 1028 113 112 135 475 1030 1083 1093 1095 111 116 1219 1299 130 1308 1377 1383 (Other) NA's
5 4 4 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 120 16
summry> lst <- unclass(attenu$station) > 20 # logical with NAs
summry> ## summary.default() for logicals -- different from *.factor:
summry> summary(lst)
Mode FALSE TRUE NA's
logical 28 138 16
summry> summary(as.factor(lst))
FALSE TRUE NA's
28 138 16
2、R中工作空间workspace常用函数
列出历史输入命令
history()
保存当前工作空间
save.image(file='first_r.Rdata')
导入已保存的工作空间
load('first_r.Rdata')
获取当前工作路径
getwd()
[1] "C:/Users/helen/Desktop/《Python基础教程（第3版）》/R"类似linux中的pwd，输出绝对路径
切换工作路径
setwd("C:/Users/helen/Desktop/《Python基础教程（第3版）》")
getwd()
[1] "C:/Users/helen/Desktop/《Python基础教程（第3版）》"
退出R
q()
将会询问你是否保存工作空间
3、输入与输出
windows下执行R脚本
sourece('R脚本')
R中将图形输入为pdf、png、svg、jpeg等格式
1st.R脚本
library(ggplot2)
#pdf("first.pdf")#保存为pdf格式，置于绘图之前
png(file = "first.png", width = 400, height = 350)
print(ggplot(mpg, aes(x = displ, y = hwy)) +
geom_point())#注意使用pdf，否则会显示报错：用R语言保存的pdf文件打不开，显示“文件已被损坏，且无法修复”
dev.off( )
source('1st.R')
从R中导出数据保存为txt格式
> x<-c(1,2,3)
> x
[1] 1 2 3
> write.table(x,"first.txt",sep = "\t")
从R中导出数据保存为excel格式
x<-c(1,2,3)
library(xlsx)
write.xlsx(x, "first.xlsx")
4、包安装
手动选镜像
install.packages('ggplot')
options设置镜像
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))#设置清华镜像，加速安装
install.packages("pheatmap", dependencies = TRUE)
其它国内镜像：
| https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ | TUNA Team, Tsinghua University |
| https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/ | Beijing Foreign Studies University |
| https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ | University of Science and Technology of China |
| https://mirror-hk.koddos.net/CRAN/ | KoDDoS in Hong Kong |
| https://mirrors.e-ducation.cn/CRAN/ | Elite Education |
| https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/ | Lanzhou University Open Source Society |
| https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/ | eScience Center, Nanjing University |
| https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN/ | Tongji University |
| https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/ | Shanghai Jiao Tong University |
阿里云镜像：https://mirrors.aliyun.com/CRAN/
参考资料
r-in-action-second-edition