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宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

2017-10-12 朱微金 宏基因组

加拿大生信网

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/),每年组织多场生物信息学线下培训,并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频,每一份都价值不菲。

宏基因组数据分析培训

2016年6月22-24日,在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训,我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 “Access Content” 访问这次培训的材料。

课题内容简介

本次课题一共分为7节,简要介绍了背景、扩增子、宏基因组、宏转录组的分析思路和基本原理。同时提供全套的课件(PDF+PPT)和讲解视频(Youbute)在线。

注:本次课程以基础知识、原理讲解为主,非常适合刚入行的小伙伴认真学习。

更高级的数据分析实战课程,过几天就陆续分享给大家。

课程目录:

  1. 宏基因组学简介

  2. 扩增子分析物种组成

  3. 基于16S预测宏基因组

  4. 宏基因组物种组成

  • 比较16S与宏基因测序

  • 各种分析宏基因组物种组成方法

  • Metaphlan2分析宏基因组样品

  • STAMP统计组间物种差异

  • 宏基因组功能组成

    • 功能与物种组成区别

    • 了解功能相关数据库

    • 理解宏基因组基因拼接的优缺点

    • HUMANN注释功能基因

    • STAMP统计组间功能差异

  • 宏转录组

    • 理解宏转录组的机遇和挑战

    • 宏转录组的适用范围

    • 样品准备与实验设计

    • 数据处理的关键步骤

    • 处理简单的宏转录组示例

  • 微生物组生物标记物挖掘

    • 生物标记物的定义和应用

    • 如何从微生物组数据中鉴定生物标记物

    • 分析实战

    • 理解分析的原理

    资料下载

    这是网站的速度特别慢,打开个PDF都要等好久,视频在Youtube上需要翻墙才能观看,这两天要开十八大,各种翻墙工具基本都难用,小编花了大约一天的时间,将课题全套的课件PPT、PDF,以及高清版视频 720p mkv进行下载、重命名整理,并保存至百度云。

    不想自己下载和整理的朋友,请分享此文至朋友圈,让更多需要的人看到,并截图发送至后台,24小时内会有小编回复您下载链接。

    Youbute视频链接

    1. https://youtu.be/s_MnbWohcBM

    2. https://youtu.be/fZNdWbr6xEA

    3. https://youtu.be/0eK2ycMgVmY

    4. https://www.youtube.com/watch?v=YhjSDG5mMjE&feature=youtu.be

    5. https://youtu.be/zhHE7vbmLSE

    6. https://youtu.be/841EZb3GOs8

    7. https://youtu.be/9AZM9y7niXs

    Reference

    1. 加拿大生信网 https://bioinformatics.ca/

    2. 宏基因组专题培训 https://bioinformatics.ca/workshops/2016/analysis-metagenomic-data-2016#material

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