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#12  Python生物信息从入门到进阶研讨会  【12.02-12.04】




Python生物信息从入门到进阶研讨会

2022年12月2-4日 腾讯会议网络会议室 

brainnews
课程背景

Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁,具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库,以及生物信息学专用的Biopython,为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习,来处理实验数据、制作图表。

课程特色

1. 本课程覆盖python基础知识,通过atom程序编辑软件进行python程序写作。

2. Deep learning,决策树,支持向量机,神经网络

3. Github程序库介绍,Git使用下载、上传、协作软件编辑,

4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍

5. 本课程手把手,实操性强,有全程屏幕录制视频课后发给学员,组群学员微信群便于学员与讲师互动交流


主讲介绍

专家,博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位,08年获美国东北大学物理化学硕士学位,13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位,13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports,ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。

主要内容

详细内容见课表

Git软件使用、Python编程详解


学习目标

通过学习,让学员掌握:Git、Atom的基本使用、python数据结构;python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug;python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍;通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍,人工智能训练线性及卷积神经网络。

以下为详细日程:

Python学习班课程安排

日期

时间

主要内容

详细内容

备课
19:00-20:30
软件安装
Git、Atom、Python安装

第一天上午
9:00-10:30
计算机语言基本介绍
计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍
程序的组织与写作、Git介绍
基本数学计算、变量、字符、文字
交互式输入与输出、上载与下载文件
10:30-10:45


10:45-12:00
计算机语言数据结构与逻辑教学
交互式输入与输出、上载与下载文件
循环与逻辑
数据结构:序列和字典

12:00-13:00
午休时间
第一天下午
13:00-15:30
编程基本讲解与Python软件包教学
面向对象编程
模块、类与对象
Python软件包,如何制作并使用
Debugging、自测试
15:30-15:45


15:45-18:00
基本程序写作及网络数据挖掘写作
Python统计计算,均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图
基本网络数据挖掘写作

第二天上午
9:00-10:30
Matplotlin软件包及实操(一)
Matplotlin软件包介绍
现状图、柱形图、散点图、
轮廓图、图像保存
一般图像的输入、输出
10:30-10:45
休息
10:45-12:00
Matplotlin软件包及实操(二)
矩阵基础、数字图像是什么?
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转
Affine转化、图像切割、多图绘制

12:00-13:00
午休时间
第二天下午及晚上
13:00-15:30
Numpy软件包介绍及实操(一)
Numpy软件包介绍、数组属性
创建数组、数值性质、切片索引
高级索引
15:30-15:45
休息
15:45-18:00
Numpy软件包介绍及实操(二)
广播、数组迭代
数组操作、位运算、字符串函数
数学函数、统计函数、基础统计介绍
矩阵库、线性代数运算
18:00-19:00
晚饭及休息时间
19:00-22:00
mxnet软件包介绍及实操
线性神经网络、softmax回归
图像分类MNIST
多层感知机
深度学习计算,卷积神经网络

第三天上午
9:00-10:30
Pandas软件包介绍及实操
Pandas软件包介绍
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对
10:30-10:45
休息
10:45-12:00
Biophython软件包介绍及实操
基因序列管理、比对
DNA序列转录、翻译
多序列比对、序列输入输出
Nibabel软件包及实操
Nibabel软件包介绍
磁共振MRI数据读取
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归
磁共振MRI数据读取

12:00-13:00
午休时间
第三天下午
13:00-15:00
Scikit learn软件包及实操
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归
线性回归
分类、无监督
数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树
15:00-15:15


15:15-17:00
Tensorflow深度学习介绍
卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用
图网络与超图网络介绍
备注:务必自带电脑,要求windows系统,有大于50G可用内存。学习班可提供安装包



01会务时间

2022年12月2-4日,1日晚上有预备课。

02授课方式

腾讯会议线上直播

03主办单位

上海循掘生物科技中心

04会议费用


3800元/人, 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。

优惠措施:提前报名并付费可以提前拿到学习资料

3人组团,每人优惠100元,4人组团,每人优惠200元

6人组团,可免一人注册费(即只交5个人的费用)

参加复听的学员,每人只需交600元费用

(可以这次一起向单位多申请600元)

05汇款方式

A:银行转账

账户名称:上海循掘生物科技中心 账户号:1001064709100016561

开 户 行:中国工商银行上海市永泰路支行

B:支付宝转账

收款人:yonghong1028@126.com 户  名:金永红

C:公务卡微信支付





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微信号:brainnews_03


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