ggplot2版本的韦恩图画法
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前几天介绍了使用venndiagram包绘制韦恩图，这个包很简单，参数也不复杂，基本能满足日常需求，但是每次运行都要产生一个日志文件在本地，很是难受，最多支持5个集合。
现在在R里面画图，如果不能支持图层语法，感觉都拿不出手了，一切都在ggplot2化。
韦恩图当然也不例外，比如这个国产R包：ggvenndiagram。
这个包比较牛逼的地方在于，它可以通过封装好的函数直接画图，也可以把画图数据提取出来，让你用ggplot2自己画，支持2-7个集合，应该够你用了吧？
俗话说：数就是图，图就是数，相比较于画图来说，我还是觉得整理数据比较难！
安装
使用
提取数据，用ggplot2画
安装
任选一种：
install.packages("ggVennDiagram")
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("gaospecial/ggVennDiagram")
这个包发了文章的，大家使用的话记得引用！
“Gao, C.-H., Yu, G., and Cai, P. (2021). ggVennDiagram: An Intuitive, Easy-to-Use, and Highly Customizable R Package to Generate Venn Diagram. Frontiers in Genetics 12, 1598. doi: 10.3389/fgene.2021.706907.
使用
library(ggVennDiagram)
library(ggplot2)
sets <- list(
a = sample(1:500,300),
b = sample(1:500,350),
c = sample(1:500,420),
d = sample(1:500,300)
)
ggVennDiagram(sets,
category.names = c("set 1","set 2","set 3","set 4"), # 集合名字
set_color = c("blue","red","yellow","black"), # 集合名字颜色
set_size = 6,# 集合名字大小
label = "both", # "count","percent","both","none"
label_geom = "label", # label/text,
label_alpha = 0, # label背景色
label_color = "firebrick",
label_percent_digit = 2, # 保留几位小数
edge_lty = "dashed", # 边框线型，solid
edge_size = 1.2 # 边框粗细
)+
scale_fill_gradient(low = "grey90",high = "grey60")+ # 填充色
scale_color_manual(values = c("grey10","grey10","grey10","grey10")) # 边框色,貌似不能变为无边框
上面这个例子是直接出图版，简单快捷，不过默认颜色不是很好看，需要自己鼓捣一番才能找到合适的颜色。
下面是比较有意思的部分，提取数据，让你用ggplot2自己画！
提取数据，用ggplot2画
作者把韦恩图的主要结构拆解为3个部分：集合标签/集合边框/交集区域，把这3个部分分装在一个S4对象里，方便你自由调取使用，自由改变。
venn <- Venn(sets)
df <- process_data(venn)
df
## An object of class "VennPlotData"
## Slot "setEdge":
## Simple feature collection with 4 features and 5 fields
## Geometry type: LINESTRING
## Dimension: XY
## Bounding box: xmin: 0.0649949 ymin: 0.1849949 xmax: 0.9350051 ymax: 0.8391534
## CRS: NA
## # A tibble: 4 x 6
## id geometry component item count name
## <chr> <LINESTRING> <chr> <named> <int> <chr>
## 1 1 (0.1025126 0.7174874, 0.09412107 0.708119~ setEdge <int [~ 300 a
## 2 2 (0.2525126 0.8174874, 0.246341 0.8103391,~ setEdge <int [~ 350 b
## 3 3 (0.7333452 0.8033452, 0.7262248 0.8095447~ setEdge <int [~ 420 c
## 4 4 (0.8974874 0.7174874, 0.8881191 0.7258789~ setEdge <int [~ 300 d
##
## Slot "setLabel":
## Simple feature collection with 4 features and 3 fields
## Geometry type: POINT
## Dimension: XY
## Bounding box: xmin: 0.08 ymin: 0.78 xmax: 0.93 ymax: 0.86
## CRS: NA
## # A tibble: 4 x 4
## id geometry component name
## <chr> <POINT> <chr> <chr>
## 1 1 (0.08 0.78) setLabel a
## 2 2 (0.26 0.86) setLabel b
## 3 3 (0.71 0.85) setLabel c
## 4 4 (0.93 0.78) setLabel d
##
## Slot "region":
## Simple feature collection with 15 features and 5 fields
## Geometry type: POLYGON
## Dimension: XY
## Bounding box: xmin: 0.0649949 ymin: 0.1849949 xmax: 0.9350051 ymax: 0.8391534
## CRS: NA
## # A tibble: 15 x 6
## id geometry component item count name
## <chr> <POLYGON> <chr> <list> <int> <chr>
## 1 1 ((0.1025126 0.7174874, 0.1118809 0.7258~ region <int [~ 7 a
## 2 2 ((0.2525126 0.8174874, 0.2596609 0.8236~ region <int [~ 9 b
## 3 3 ((0.7333452 0.8033452, 0.7395447 0.7962~ region <int [~ 26 c
## 4 4 ((0.8974874 0.7174874, 0.9058789 0.7081~ region <int [~ 6 d
## 5 12 ((0.2494531 0.7508377, 0.266399 0.74722~ region <int [~ 18 a..b
## 6 13 ((0.3598131 0.3161471, 0.3466157 0.3144~ region <int [~ 23 a..c
## 7 14 ((0.6341476 0.306281, 0.6321686 0.29195~ region <int [~ 6 a..d
## 8 23 ((0.4087951 0.6905086, 0.4240163 0.7044~ region <int [~ 47 b..c
## 9 24 ((0.7013464 0.5605964, 0.7121743 0.5437~ region <int [~ 7 b..d
## 10 34 ((0.7562978 0.7359764, 0.7555797 0.7233~ region <int [~ 28 c..d
## 11 123 ((0.4254307 0.668526, 0.4425419 0.65529~ region <int [~ 67 a..b.~
## 12 124 ((0.6020164 0.4567956, 0.6098817 0.4389~ region <int [~ 24 a..b.~
## 13 134 ((0.4966178 0.374675, 0.4805314 0.36463~ region <int [~ 51 a..c.~
## 14 234 ((0.5085786 0.6114214, 0.5243976 0.6266~ region <int [~ 74 b..c.~
## 15 1234 ((0.5066822 0.5956024, 0.5213246 0.5792~ region <int [~ 104 a..b.~
通过上面两个函数，就把韦恩图的结构变成了数据框形式，方便使用ggplot2画图，比较牛逼的是geometry这列，存储的是各个集合的坐标！
接下来就可以使用ggplot2了。
ggplot()+
geom_sf(data = venn_region(df), aes(fill=count))+
geom_sf(data = venn_setedge(df),size=2,lty="dashed",color="grey")+
geom_sf(data = venn_setlabel(df),aes(label=name))+
geom_sf_label(data = venn_region(df),aes(label=id),fontface="bold")+
scale_fill_distiller(palette = 5)+
theme_void()
是不是很神奇，不过还是封装好的画图函数的更好用的一点。
而且，不太容易找到好看的颜色搭配。
以上就是今天的内容，希望对你有帮助哦！欢迎点赞、在看、关注、转发！
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End
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