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R语言临床预测模型合集

阿越就是我 医学和生信笔记 2023-06-15
关注公众号,发送R语言python,可获取资料

医学和生信笔记,专注R语言在临床医学中的使用、R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、临床研究设计、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等

💡专注R语言在🩺生物医学中的使用


R语言做临床预测模型,目前已有20+篇推文,持续更新中!


本教程重实践,只有2篇推文介绍临床预测模型及评价,其余全是R语言实操!


所有示例数据都可免费获取,并已在文中给出获取方式,代码也是复制粘贴即可运行!无任何套路!


1. 简单易懂:什么是临床预测模型?

2. Cox回归列线图(nomogram)的4种绘制方法

3. Logistic回归列线图的4种绘制方法

4. 列线图的本质

5. 一文搞懂临床预测模型的评价!

6. 区分度评价:C-statistic的计算

7. C-statistic的显著性检验

8. 临床预测模型之二分类资料ROC曲线绘制

9. 临床预测模型之生存资料的ROC曲线绘制

10. R语言画多时间点ROC和多指标ROC曲线

11. 生存资料ROC曲线的最佳截点和平滑曲线

12. ROC(AUC)曲线的显著性检验

13. 重新分类指数NRI计算

14. 综合判别改善指数IDI的计算

15. 二分类资料的DCA决策曲线分析

16. 生存资料的决策曲线分析DCA

17. 只会logistic和cox的决策曲线?来看看适用于一切模型的DCA

18. 二分类资料校准曲线的绘制

19. 生存资料校准曲线的绘制

20. tidymodels不能画校准曲线

21. mlr3的校准曲线也是一样画!

22. 使用tidymodels搞定二分类资料多个模型评价和比较

23. 使用workflow一次完成多个模型的评价和比较

24. 使用mlr3搞定二分类资料的多个模型评价和比较


......持续更新中    




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R语言机器学习mlr3



mlr3:开篇

mlr3:基础使用

mlr3:模型评价

mlr3:模型比较

mlr3:超参数调优

mlr3:嵌套重抽样

mlr3:特征选择

mlr3:pipelines

mlr3:技术细节

mlr3:模型解释

R语言机器学习R包:mlr3(合辑)

mlr3实战:决策树和xgboost预测房价

使用mlr3搞定二分类资料的多个模型评价和比较

mlr3的校准曲线也是一样画!




R语言和医学统计学系列



R语言和医学统计学系列(1):t检验

R语言和医学统计学系列(2):方差分析

R语言和医学统计学系列(3):卡方检验

R语言和医学统计学系列(4):秩和检验

R语言和医学统计学系列(5):多因素方差分析

R语言和医学统计学系列(6):重复测量方差分析

R语言和医学统计学系列(7):多元线性回归

R语言和医学统计学系列(8):logistic回归

R语言和医学统计学系列(9):多重检验

R语言和医学统计学系列(10):正态性和方差齐性检验

R语言和医学统计学系列(11):球形检验

R语言和医学统计学系列(12):双变量回归与相关

R语言tidy风格医学统计学

R语言tidy风格医学统计学02

R语言和医学统计学(合辑)

R语言和医学统计学:非参数检验的补充

R语言和医学统计学(合辑)

R语言和医学统计学系列:协方差分析

R语言和医学统计学系列:样本量计算




新版TCGA数据库学习



新版TCGAbiolinks包学习:批量下载数据

新版TCGAbiolinks包学习:表达矩阵提取(mRNA/lncRNA/counts/tpm/fpkm)

手动下载的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的

新版TCGAbiolinks包学习:差异分析

新版TCGAbiolinks包学习:富集分析和生存分析

TCGA的maf突变文件不能下载了?直接用TCGAbiolinks包搞定!

TCGAbiolinks的甲基化数据分析

新版TCGA数据库不同癌种的组学数据合并

TCGA批量差异分析并可视化


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