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画最美染色体,就要用这个新工具 | 今天被CRAN接收

小丫画图 小丫画图 2022-09-20

由小丫画图开始并推动,产生了一个CRAN包——RIdeogram


今天已由CRAN审核通过,一行命令搞定安装:

install.packages("RIdeogram")


【需求描述】

我要画差异表达基因在染色体上的分布(RNA-seq)

or 开放染色质在染色体上的分布(DNase/ATAC-seq)

or CTCF在染色体上的结合位点(ChIP-seq)

or 突变位点在染色体上的分布(WGS)

or DNA甲基化在染色体上的分布(WGBS)


找工具来解决:

perl工具circos

circos的图最美,但,我要直的,不要弯的

http://circos.ca/


R包chromoMap

chromoMap美,可惜只支持人这一个物种


其余的R包,都达不到我想要的美好的效果

R包IdeoViz


https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/IdeoViz/inst/doc/Vignette.pdf


R包karyploteR


https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html


R包ggbio


http://www.tengfei.name/ggbio/




找到一个在线画美的、直的、染色体的工具

在线工具Idiographica


出自Millerdelaney, S. F. C., Bryan, K., Das, S., Mckiernan, R. C., Bray, I. M., & Reynolds, J. P., et al. (2015). Differential dna methylation profiles of coding and non-coding genes define hippocampal sclerosis in human temporal lobe epilepsy. Brain, 138(Pt 3), 616-631.影响因子:10.292

http://rtools.cbrc.jp/idiographica/

可惜只支持human, mouse, rat and fruit fly这5个物种


我们的解决方案

“小丫画图群”里,有的小伙伴跟小丫一样,有的对现有的R包画图效果不满意,有的不想花时间点鼠标调参数,还有位小伙伴是研究水稻的,急需不限物种的工具来画图。于是,去年6月,我们众筹了画这个图的代码。画图达人从头写代码,画出了下图:

小丫拿到代码、看到图,惊呆了!这必须得写成R包才对得起作者的努力~

于是小丫请Y叔出马,带我们飞~~~


经过Hao同学和同伴半年的努力,在Y叔的悉心指导下,RIdeogram包终于写成,今天被CRAN接收。


用法看链接里的使用手册:

https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html


功能更丰富:

据说有的小伙伴最喜欢这种萌萌水桶腰版

哥俩好版

我最喜欢这水果味儿的染色体

哦,对了,FigureYa8rada那朵花也出自Hao同学之手!

(用FigureYa8rada画出的花版雷达图)


已购买FigureYa10chromosome的小伙伴近期会收到V2版的邮件


回复“群公告”,加入小丫画图,一起画美图~


新年第一波“好看”节目落幕:我进了个假的大牛组

第二波“好看”即将开启,记得点击右下角“好看”哦~

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