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AMBER系列专题

AMBER系列专题
A/M/B/E/R/从/入/门/到/精/通

        


本次系列课程共4天,均采用在线直播的形式,课后提供无限次的回放视频,建立永不解散的课程群,长期互动答疑,学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题,巩固学习内容,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求;

ANBER专题课程从AMBER程序入门学会编译方法,安装自己的AMBER可执行程序开始,依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取,并对经典文献进行复现。



01

课程大纲


第一天

时间

课时内容
主要知识点
AM
9:00~9:50
一.分子动力学入门理论

1    分子力学简介
1.1   分子力学的基本假设
1.2   分子力学的主要形式
2    分子力场
2.1   分子力场的简介
2.2   分子力场的原理
2.3   分子力场的分类及应用
AM
10:00~10:50
二.LINUX入门


3    LINUX 简介
3.1   用户属组及权限
3.2   目录文件属性
3.3   LINUX基础命令
3.4   LINUX环境变量
3.5   shell常用命令练习

AM

11:00~12:00

PM

14:00~14:50

三.AMBER简介及安装


4    AMBER简介和安装
4.1    GCC简介及安装
4.2    Open MPI简介及安装
4.3    AMBER安装运行
4.4    LIUUX操作练习

PM

15:00~15:50

PM

16:00~17:00

第二天

时间

课时内容
主要知识点

AM

9:00~9:50

四.研究对象模型获取

5    模型文件的预处理
5.1   模型来源简介
5.2   蛋白文件简介

AM

10:00~10:50

五.研究对象模型构建

6    模型文件的预处理
6.1   蛋白预处理
6.2   小分子预处理

AM

11:00~12:00

6.3   AMBER力场简介
6.4   拓扑文件、坐标文件简介
6.5   top、crd文件的生成
6.6   tleap模块的使用
案例实践:
Ø  HIV-1复合物的预处理

PM

14:00~14:50

六.  分子动力学模拟

7    能量优化、分子动力学模拟
7.1   能量优化意义以及方法
7.2   模拟温度调节意义及方法
7.3   溶剂模型分类及选择
7.4   动力学模拟输入文件的编写
7.5   运行分子动力学模拟
7.6   输出内容解读
7.7   练习答疑
案例实践:
Ø  HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟

PM

15:00~15:50

AM

16:00~17:00

第三天

时间

课时内容

主要知识点

AM

9:00~9:50

七.  结合自由能计算

8    焓变计算
8.1   实验数据分析及检索
8.2   MM/PBSA结合自由能计算原理
8.3   GB模型讲解及分类
8.4   焓变输入文件的编写
8.5   焓变结果解读

AM

10:00~10:50

9    熵变计算
9.1   Nmode计算熵变原理
9.2   熵变输入文件的编写
9.3   熵变结果解读
9.4   实验值与理论值对照分析
案例实践:
Ø  HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算

AM

11:00~12:00

PM

14:00~14:50

八.  可视化软件

10   3D可视化分析
10.1  VMD安装和使用
10.2  Pymol 安装和使用

PM

15:00~15:50

九.  基于分子动力学的轨迹特征获取

11   构象分析
11.1  RMSD分析
11.2  B-Factory 分析
11.3  RMSF分析

AM

16:00~17:00

11.4  RG分析
11.5  VMD动画展示
11.6   距离角度测量
11.7   溶剂可及表面积(SASA)

第四天

时间

课时内容

主要知识点

AM

9:00~9:50

十.  基于能量的相互作用机理分析

12   能量分析
12.1   残基分解(相互作用分析)
12.2   丙氨酸扫描(寻找热点残基)
12.3   氢键网络(盐桥,pi-pi共轭等其它相互作用)
12.4   练习答疑

AM

10:00~10:50

AM

11:00~12:00

PM

14:00~14:50

十一.   经典工作复现

13     经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)
13.1Nanoscale 2020,  12, 7134−7145.
(a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性
(b)结合自由能的对比与分析
(c)热力学积分计算相对结合自由能
(d)氢键网络分析
(e)残基分解预测热点氨基酸
13.2J. Chem.  Inf. Model. 2021,  61, 7, 3529–3542
(a) 丙氨酸扫面预测热点氨基酸
(b) 残基接触(contact)分析
(c) 温度因子分析(B-facter)分析
(d) 溶剂可及表面积分析
(e) 伞状采样动力学再现解离机制
13.3练习答疑




部分案例展示:





02

课程时间

AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题

2022年12月10日-12月11日  

2022年12月17日-12月18日  

在线直播(授课4天)



03

报名费用



费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;

如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函;

年底免费大赠送:(赠送的免费课程不开发票)

1)  报名CADD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题、AIDD专题课程之一免费参加

2)  报名AIDD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题课程之一免费参加

3)  报名AMBER专题课程,可免费参加GROMACS专题课程

价格优惠:(优惠活动最终解释权归主办方)

1)  早鸟优惠:所有专题课程2022年11月1日前报名缴费均立减200元

2)  转发优惠:转发本文/海报至朋友圈12小时,优惠100元/人(朋友圈不设屏蔽,截图联系工作人员确认)

3)  凡老学员推荐的新报名者可享受额外优惠

4)  老学员优惠:老学员参加任一新课程立减400元(与1)2)不叠加)

参加培训并通过考试的学员,可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计应用工程师》专业技能结业证书。



04

联系方式



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