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AMBER专题

AMBER系列专题

A/M/B/E/R/从/入/门/到/精/通

课程特色

本次系列课程共4天,均采用在线直播的形式,课后提供无限次的回放视频,建立永不解散的课程群,长期互动答疑,学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题,巩固学习内容,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求;

ANBER专题课程从AMBER程序入门学会编译方法,安装自己的AMBER可执行程序开始,依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取,并对经典文献进行复现。



01

课程大纲

时间

课程名称

课程内容

第一天

上午

一. 分子动力学入门理/论

教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。

1. 分子力学简介

1.1   分子力学的基本假设

1.2   分子力学的主要形式

2. 分子力场

2.1   分子力场的简介

2.2   分子力场的原理

2.3   分子力场的分类及应用

二. LINUX入门

教学目标:掌握数值计算平台,熟悉计算机语言,能够使用vim编辑器简单编辑文件。

1      LINUX 简介

1.1   用户属组及权限

1.2   目录文件属性

1.3   LINUX基础命令

1.4   LINUX环境变量

1.5   shell常用命令练习

第一天

下午

三. AMBER简介及安装

教学目标:了解Amber软件历史发展,熟悉安装环境,支撑环境编译。

1    AMBER简介和安装

1.1   GCC简介及安装

1.2   Open MPI简介及安装

1.3   AMBER安装运行

1.4   LIUUX操作练习

第二天

上午

四. 研究对象模型获取

教学目标:如何确立研究对象,熟悉蛋白数据库的使用,如何对

研究对象建模。

1      模型文件的预处理

1.1   模型来源简介

1.2   蛋白文件简介

五. 研究对象模型构建

教学目标:熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写,能够独立完成体系动力学之前的准备工作。



1      模型文件的预处理

1.1   蛋白预处理

1.2   小分子预处理

1.3   AMBER力场简介

1.4   拓扑文件、坐标文件简介

1.5   top、crd文件的生成

1.6   tleap模块的使用

案例实践: 

HIV-1复合物的预处理

第二天

下午

六. 分子动力学模拟

教学目标:分子动力学流程,AMBER软件动力学原则,完成分子动力学模拟的操作练习。

1      能量优化、分子动力学模拟

1.1   能量优化意义以及方法

1.2   模拟温度调节意义及方法

1.3   溶剂模型分类及选择

1.4   动力学模拟输入文件的编写

1.5   运行分子动力学模拟

1.6   输出内容解读

1.7   练习答疑

案例实践:

HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟

第三天

上午

七. 结合自由能计算

教学目标:熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。

1      焓变计算

1.1   实验数据分析及检索

1.2   MM/PBSA结合自由能计算原理

1.3   GB模型讲解及分类

1.4   焓变输入文件的编写

1.5   焓变结果解读

2     熵变计算

2.1   Nmode计算熵变原理

2.2   熵变输入文件的编写

2.3   熵变结果解读

2.4   实验值与理论值对照分析

案例实践:

HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算

第三天

下午

八. 可视化软件

教学目标:熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用,采用可视化软件辅助科研工作。

1      3D可视化分析

1.1   VMD安装和使用

1.2   Pymol 安装和使用

九. 基于分子动力学的轨迹特征获取

教学目标:从动力学模拟出的构象出发,洞悉构象转变,解释实验想象,预测实验结果

1      构象分析

1.1   RMSD分析

1.2   B-Factory 分析

1.3   RMSF分析

1.4   RG分析

1.5   VMD动画展示

1.6   距离角度测量

1.7  溶剂可及表面积(SASA)

第四天

上午

十. 基于能量的相互作用机理分析

教学目标:从能量角度出发,分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理,对实验提供理论指导



1      能量分析

1.1  残基分解(相互作用分析)

1.2  丙氨酸扫描(寻找热点残基)

1.3  氢键网络(盐桥,pi-pi共轭等其它相互作用)

1.4  练习答疑

第四天

下午

十一. 经典工作复现

教学目标:引导初学者了解本方向中经典工作,复现工作中重要分析手段,加深同学对本方向的理解。

1     经典文献工作复现(请同学在课前自行下载仔细阅读)

1.1    Nanoscale   2020, 12, 7134−7145.

(a)RMSD和2D_RMSD检验模拟的稳定性

(b)结合自由能的对比与分析

(c)热力学积分计算相对结合自由能

(d)氢键网络分析

(e)残基分解预测热点氨基酸

1.2    J. Chem.   Inf. Model. 2021, 61, 7, 3529–3542

(a) 丙氨酸扫面预测热点氨基酸

(b) 残基接触(contact)分析

(c) 温度因子分析(B-facter)分析

(d) 溶剂可及表面积分析

(e) 伞状采样动力学再现解离机制

1.3   练习答疑

部分案例图示:

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02

课程时间

2023年1月10日-2023年1月13日

在线直播4天



03

报名费用

课程名称

原价(元)

优惠后价格(元)

CADD专题

(六天)

5900

5700

AMBER专题

(四天)

3900

3700

AIDD专题

(五天)

4900

4700

GROMACS专题(三天)

2900

2700

费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;

如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函;

年底免费大赠送:(赠送的免费课程不开发票)

1)  报名CADD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题、AIDD专题课程之一免费参加

2)  报名AIDD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题课程之一免费参加

3)  报名AMBER专题课程,可免费参加GROMACS专题课程




04

联系方式



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