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GROMACS专题 无忧版

GROMACS系列专题

GROMACS课程买一赠一


课程特色


本次系列课程共3天,均采用在线直播的形式,课后提供无限次的回放视频,建立永不解散的课程群,长期互动答疑,学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题,巩固学习内容,从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求;

GROMACS专题课程从GROMACS程序入门学会编译方法,安装自己的GROMACS可执行程序开始,依次讲授生物体系简单到复杂的建模与TOP文件构建、常用模拟结果分析、水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟过程及结果分析、生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模分析、蛋白质结合自由能计算、药物分子开发溶剂筛选。


课程大纲

课程名称

课程内容

基础理论

1 分子模拟基础理论

1.1 统计力学理论概述

1.2 主要算法介绍:最速下降法、共轭梯度法、有限差分法

1.3 力场、力场类型、参数和分类:AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS

1.4 基础知识:积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件

1.5 模拟基本流程:能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟

1.6 计算化学基本概念:范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面

程序入门

2 GROMACS程序入门——学会编译方法,安装自己的GROMACS可执行程序,并运行一个例子。

2.1 版本/安装/运行

•Linux入门操作及方法

•并行介绍和环境搭建

•win版、linux版编译安装及运行

•win版下使用linux系统编译安装及运行GROMACS程序

2.2 各种文件介绍:PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP

2.3 力场概念、分类及力场参数修改:——探究力场具体形式,为以后创建自己体系做准备,以OPLS为例,力场的各种参数说明及修改

生物体系建模与TOP文件构建

3 生物体系建模——掌握不同体系快速搭建方法,使学员具有扎实的建模基础

3.1 辅助工具软件:Packmol、GaussView、vmd、Grace等

3.2 模型建模/TOP文件的生成

生物小分子PDB构建、生物小分子模型及原子类型定义、结构调整(键长、键角、二面角)、生物小分子top结构构建、itp文件建立、拓扑文件生成工具

3.3 不同简单生物体系的建模

3.4 构建一个简单的生物分子体系模型并运行

3.5 蛋白质、核酸、多肽、溶剂等复杂体系构建

建模结果分析

4 模拟结果分析——掌握不同生物体系所需分析方法,生成拓扑结构和坐标文件

4.1 模拟轨迹分析:trajectory,sasa,rdf,freevolume等

4.2 生成拓扑结构和坐标文件:editconf,genconf,pdb2gmx等

4.3 模拟能量分析:energy,enemat等

4.4 系统动态结构分析:cluster,confrms,midist等

4.5 空间分布性质:gyrate,msd,rdf,traj等

4.6 分子结构分析:hbond,order,principal,spol等

4.7 静电作用分析:dielectric,dipoles,potential等

生物体系建模实践

5 水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟

5.1 配体分子的处理

5.2 蛋白结构的处理

5.3 修改蛋白坐标文件

5.4 修改拓扑文件

5.5 构建盒子并放入溶剂

5.6 平衡系统电荷

5.7 能量最小化

5.8  NVT平衡

5.9  NPT平衡

5.10 模拟结果取样

6 分子动力学结果分析

6.1 轨迹文件观察

6.2 能量数据作图

6.3 计算斜方差

6.4 测量回旋半径

6.5 计算结构的RMSD值               

6.6 计算原子位置的根均方波动      6.7 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度     

7 生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模

7.1 磷脂分子结构、双分子层建模  

7.2 模拟水通道(蛋白、多肽等)

7.3 插入溶剂分子

7.4 模拟系统达平衡

7.5 分析溶剂分子扩散速率

7.6 分子间的氢键的数目、距离或角度

高级进阶模拟分子自由能计算实践

8 蛋白质结合自由能计算(伞形采样法为例)

8.1 创建一系列反应路径分子构型

8.2 提取模拟间隔质心轨迹

8.3 模拟每个构型的伞形采样

8.4 柱状图分析计算结合自由能

8.5 模拟结果讨论

9 药物分子开发溶剂筛选

9.1 介绍热力学积分方法

9.2 构建药物分子模型

9.3 建模药物分子溶解在水相,油相和醇相

9.4 计算不同相态下的分配系数

9.5 快速预测药物分配系数方法

SCI论文复献

根据学员需求,回答相关SCI文献中模拟的问题


部分案例展示:



课程时间


GROMACS分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选专题

2022年12月30日-12月31日   

2023年1月2日     

在线直播(授课3天)


报名费用




费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;

如需开具会议费的单位请联系招生老师发送会议邀请函;

年底免费大赠送:(赠送的免费课程不开发票)

1)  报名CADD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题、AIDD专题课程之一免费参加

2)  报名AIDD专题课程,可任选AMBER专题、GROMACS专题课程之一免费参加

3)  报名AMBER专题课程,可免费参加GROMACS专题课程

价格优惠:(优惠活动最终解释权归主办方)

1)  早鸟优惠:所有专题课程2022年12月31日前报名缴费均立减200元

2)  转发优惠:转发本文/海报至朋友圈12小时,优惠100元/人(朋友圈不设屏蔽,截图联系工作人员确认)

3)  凡老学员推荐的新报名者可享受额外优惠

4)  老学员优惠:老学员参加任一新课程立减400元(与1)2)不叠加)

参加培训并通过考试的学员,可以获得:北京软研国际信息技术研究院培训中心颁发的《计算机辅助药物设计应用工程师》专业技能结业证书。


联系方式





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