Rosetta 蛋白抗体设计专题
Rosetta 蛋白抗体设计专题
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1、本专题采用北京线下授课的形式，面对面教学，与老师及时进行沟通。课后提供无限次回放视频。建立永不解散的课程群，长期互动答疑，学员学完后可以继续与专业老师同学交流问题，巩固学习内容，从而更好地满足学员不同方面的论文及实际科研工作需求
2、以Rosetta软件为基础，以实例讲授和练习为主。依次讲授Rosetta软件基础、蛋白质结构viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD和MSD设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
讲师简介
由国家双一流、985高校特聘研究员、博士生导师讲授。近五年发表SCI研究论文20余篇，获国际生物设计会议奖励(The International BioDesign Research Conference)。主持基金委蛋白质设计相关项目和科技部重点研发计划课题多项。主要擅长分子设计、分子模拟方法研究。
课程大纲
第一天 | |
时间 | 课时内容 |
上午 | 教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 |
一、从蛋白质折叠到蛋白质设计 1.蛋白质折叠与结构预测简介 1.1 主链二面角与二级结构 1.2 侧链堆积与三级结构 2.蛋白质设计简介 蛋白质设计的分类及应用 | |
教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。 | |
二、 Rosetta基础 三、蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 3、Pose/mover/ scorefunction 4、LINUX 入门命令 4.1 用户属组及权限 目录文件属性 4.2 LINUX基础命令 环境变量 4.3 shell常用命令练习 4.4 conda介绍 | |
下午 | 教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例） |
四、结构扰动与结构优化 五、序列设计 PackRotamer和FastDesign 5、Minmover,MCMover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6、RosettaScript组成和要素 6.1 FilterResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/DisulfidizeMover | |
第二天 | |
上午 | 教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 |
六、蛋白-蛋白对接基础 7、Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精细调整 7.3 FoldTree | |
教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令 | |
七、抗体设计 8、抗体结构文件的处理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗体抗原对接模型 8.3 CDR区优化 8.4 Framework区优化 案例实践： SSD和MSD设计任务 | |
下午 | 教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。 |
八、CartisenDDG 突变扫描 九、RosettaScript应用 9 序列与结构设计 9.1 Input和Output flags控制输入输出 9.2 CleanAtom结构预处理 9.3 ROSETTACLASH.LOG和RosettaCommons 9.4 ResFile等辅助文件 9.5 小改中改与大改 9.6 练习答疑 案例实践： Ø FastDesign设计任务 |
部分案例图示：
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报名须知
1
报名费用
（含报名费、培训费、资料费）
课程 | 原价 | 优惠价 |
多组学专题 (线上六天) | 5600 | 5400 |
Rosetta专题 (线下两天) | 3100 | 2900 |
CADD专题 (线上六天) | 5900 | 5700 |
【注】线下课程食宿可统一安排，费用自理，费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质培训通知文件或会议邀请函
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联系方式
【注】线上/线下开课前一周会务组统一通知；线上开课前一天会将直播上机账号发至您微信