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炸裂!32个MS脚本,自由能/台阶图计算和绘制、界面电荷分布、差分电荷密度计算、批量提交作业等!

MS杨站长 MS杨站长 2023-03-18

脚本可以用流程化的方式帮我们干活在Materials Studio中使用Perl脚本非常方便,无需环境,可直接运行。
它能够做批量处理、计算结果的后处理、拓展Materials Studio的功能,节省90%以上的时间。
因此,杨老师针对顶级期刊中的热点计算性质,精心制作了10个MS脚本,简直是开挂般的存在!
这些Materials Studio中无法进行的性质计算,都可通过杨老师原创的脚本来实现。例如自由能台阶图的计算和绘制、界面电荷分布、DMol3的差分电荷密度计算、批量提交作业等。
杨老师原创脚本可计算性质示例图:
除此之外,杨老师还收集整理了22个Materials Studio官方脚本,主要用于分子动力学的后处理等。并制作了对应使用教程,将在MS杨站长公众号和B站频道持续发布,请关注后续更新。
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10个华算科技杨站长原创脚本
1. cutoff.pl为截断能收敛性测试的自动执行脚本,可实现批量交作业;
2. dmol3_gibbscorrec2.pl为采用DMol3模块计算特定温度吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
3. castep_dibbscorrec.pl为CASTEP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
4. vasp_dibbscorrec2.pl为VASP计算特定温度下吉布斯自由能(忽略催化剂或电极surface slab内原子)的脚本;
5. dmol_edd.pl为使用DMol3直接算片段差分电荷密度的脚本;
6. bulk_planar_average_potential.pl为计算体块结构静电势沿某方向分布的脚本;
7. edd_distr.pl为电荷差分密度的平面加和值沿z轴分布的计算脚本;
8. JOB.txt为DMol3和CASTEP在Linux服务器交作业的脚本;
9. xtd2xyz.pl为杨站长更正的脚本,可将轨迹文件从xtd格式转为通用xyz格式;
10. eos.pl为晶体状态方程曲线求解脚本。
后续会推出更多脚本及其用法介绍,敬请关注!
22个Materials Studio官方脚本
包括:玻尔兹曼转换,应力应变曲线自动执行脚本,氢键统计,轨迹文件格式转换,势能面求解,随机替换建模,晶型预测,分子动力学键长键角统计,EAM势力场等。
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