基于LEfSe分析进行微生物物种差异及关联分析

Original 王志山科研后花园 2023-09-08

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引言

LEfSe（LDA Effect Size）分析是一种用于发现和解释高维度数据生物标识（基因、通路和分类单元等）的分析工具。在微生物分析过程中，这种分析方法主要采用线性判别分析（LDA）来估算每个物种丰度对差异效果影响的大小，进而找出两组或多组内有显著性差异的物种（即biomarker）。

基于Galaxy进行LEfSe分析

网址：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

数据格式：

流程：

1）按照下图将准备好的数据加载到软件中，加载完成后关闭此界面可在右侧history栏中显示该数据文件；

2）左侧工具栏中找到LEfSe分析选项，点击后显示A-F六步；

3）点击A) Format Data for LEfSe，对应界面中按照下图进行选择，然后点击Execute运行，运行完成会弹出成功提示并在右侧生成相应的文件，点击右侧对应文件即可查看具体内容并进行保存（过程文件，无需理解和细究）；

4）点击B）LDA Effect Size (LEfSe) 进行差异计算与统计，具体见下图，运行成功同样会弹出成功提示并生成一个新文件；

5）C-F都为作图步骤，点击C和D后都会出现如下界面，根据个人需求进行选择即可得到对应的图，对于图表的解读大家可自行百度检索。

6）其中E和F都是绘制特定物种在不同组中的柱状图，E一般只能绘制单个物种的，F可以绘制差异物种或所有物种的柱状图，所以我们一般忽略E，直接进行F步骤；

基于图图云平台进行LEfSe分析

网址：http://www.cloudtutu.com（需要提前联系管理员注册账号）

数据格式：按照平台提供示例数据进行准备即可（OTU数据和分类信息数据）

劣势：目前好像只支持分析的组数为两组；

流程：

1）在微生物分析工具下找到Lefse2分析选项，点击打开；

2）上传文件；

3）输入分组信息；

4）选择需要比较的组及设置LDA过滤值：

5）点击运行；

6）运行结束后，可在右侧图片预览中查看图片，也可点击下载，将结果下载下来，之后再进行查看；

参考：https://www.sohu.com/a/290624187_769248

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