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R可视化——基于ggplot2包和ggridges包绘制山脊图
山脊图（Ridgeline plot）是一种用于展示几组数据变量分布情况的图形，一般由多个彼此重叠的密度图组成，实现了在有限的空间上，以类3D的形式非常紧凑展示数据的目的。
安装、加载R包
rm(list = ls())setwd("D:\\山脊图")
#安装R包install.packages("ggplot2")install.packages("ggridges")install.packages("reshape")install.packages("ggprism")#加载R包library(ggplot2)library(ggridges)library(reshape)library(ggprism)数据
# 加载数据df <- read.table(file="data.txt",sep="\t",header=T,check.names=FALSE)#变量格式转换,宽数据转化为长数据,方便后续作图df1 <- melt(df)绘图
1、基础绘图——基于ggridges包和ggplot2包进行绘制
ggplot(df1, aes(x = value, y = variable, fill = variable)) + geom_density_ridges()2、个性化绘制
#展示形式1p1 <- ggplot(df1, aes(x = value, y = variable, fill = variable)) +#数据 geom_density_ridges(stat = "density_ridges") +#绘制山脊图 theme_prism(palette = "candy_bright",#主题样式 base_fontface = "plain", # 字体样式 base_family = "serif", # 字体格式 base_size = 16, #字体大小 base_line_size = 0.8)+ #坐标轴粗细 scale_fill_prism(palette = "candy_bright")+#颜色 theme(legend.position = "none",#图例去除 axis.line.y = element_blank(),#去除Y轴轴线 axis.ticks.y = element_blank())+#去除Y轴刻度 scale_y_discrete(expand = c(0.05, 0))#调整起始图形距离X轴距离p1#展示形式2p2 <- ggplot(df1, aes(x = value, y = variable, fill = variable)) + geom_density_ridges(stat="binline", bins=40) + theme_prism(palette = "candy_bright", base_fontface = "plain", # 字体样式 base_family = "serif", # 字体格式 base_size = 16, #字体大小 base_line_size = 0.8)+ #坐标轴粗细 scale_fill_prism(palette = "candy_bright")+ theme(legend.position = "none", axis.line.y = element_blank(), axis.ticks.y = element_blank())+ scale_y_discrete(expand = c(0.05, 0))p23、拼接图片
cowplot::plot_grid(p1, p2, ncol = 2)爱我请给我好看!