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R可视化——基于beeswarm包绘制蜜蜂图(beeswarm plot)

王志山 科研后花园 2023-09-08


蜜蜂图(beeswarm plot)是一种与“抖动图”相似的散点图,这种图可以直观地展现每一个样本的具体情况及整体的情况。

安装、加载R包

#安装包install.packages("beeswarm")#加载包library(beeswarm)

数据

这里我们使用rnorm()函数随机生成作图数据:

set.seed(12)df<-data.frame( x=rnorm(1000), group1=sample(c("G1", "G2", "G3"), size = 100, replace = TRUE), group2=as.numeric(factor(sample(c("Yes", "No"), size = 100, replace = TRUE))))head(df)#预览数据

绘图

1、基础绘图

beeswarm(df$x~df$group1)

2、个性化绘制

beeswarm(df$x~df$group1,#指定数据 pch=19,#指定点的形状 col=c("#3FA0FF", "#FFE099", "#F76D5E"),#指定颜色 method = "swarm",#指定数据点排列方式,可选择"swarm"、"center"、"hex"、"square" corral = "gutter",#调整数据点以防止组数据重叠,可选择有"none"、"gutter"、"wrap"、"random"、"omit" side=0,#位置蜂群显示方向,有-1,0,1可选择 priority = "descending"#布局顺序,可选择"descending"、"random"、"density"、"none" )

3、加入子群体

beeswarm(df$x~df$group1,#指定数据 pch=19,#点的形状 pwcol=df$group2,#指定子群体 method = "swarm",#指定数据点排列方式,可选择"swarm"、"center"、"hex"、"square" corral = "gutter",#调整数据点以防止组数据重叠,可选择有"none"、"gutter"、"wrap"、"random"、"omit" side=0,#位置蜂群显示方向,有-1,0,1可选择 priority = "descending"#布局顺序,可选择"descending"、"random"、"density"、"none" )#图例legend("topright", legend = c("Yes", "No"), col = 1:2, pch = 19)


参考:https://r-charts.com/distribution/beeswarm/

爱我请给我好看!


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