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跟着Nature学绘图——散点图+均值+显著性!

王志山 科研后花园 2023-09-08
 

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复现图片如下:

主要复现的图片是上图中的图h和k中样式的图片,具体代码如下:

1、设置工作环境并加载所需R包:

rm(list=ls())#clear Global Environmentsetwd("D:/nature文章原图复现系列/代码/散点图+均值+显著性")#加载包library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphicslibrary(dplyr) # A Grammar of Data Manipulationlibrary(ggsignif) # Significance Brackets for 'ggplot2'

2、加载绘图数据(根据原文图片随机编写数据,无实际意义):

data <- read.table("data.txt",check.names = T,header = 1)data$group <- factor(data$group,levels = c("CRISPR-ctrl","Trp22-KO"))

3、计算均值并指定其在x轴上的位置:

data %>% group_by(group) %>% summarise(mean_value=mean(value)) %>% bind_cols(x=c(1,2))-> df1

4、绘图:

ggplot(data,aes(group,value))+ #散点图 geom_jitter(size=5,aes(fill=group),color="black",width = 0.08,shape=21)+ #均值 geom_segment(data=df1,aes(x=x-0.25,xend=x+0.25,y=mean_value,yend=mean_value), color="black",linewidth=1.5)+ #显著性 geom_signif(comparisons = list(c("CRISPR-ctrl","Trp22-KO")), map_signif_level=T, tip_length=0, y_position = 102, size=1, textsize = 7, test = "t.test")+ #主题相关设置 theme_classic()+ theme(legend.position = "none", axis.line = element_line(linewidth = 1), axis.text.y = element_text(color="black",size = 15), axis.text.x = element_text(color="black",size = 16,angle = 45,hjust = 1,vjust = 1), axis.title.y = element_text(color="black",size = 18), axis.ticks.y = element_line(size=1), axis.ticks.x = element_blank(), plot.background = element_blank(), plot.title = element_text(color="black",size = 20))+ #颜色 scale_fill_manual(values = c("#00c000","#a0ffa0"))+ #标题 labs(x=NULL,y="Percentage in arrest",title = "Arrest coefficier")+ #轴范围 scale_y_continuous(limits = c(-1,110),breaks = seq(0, 100, len = 3))

PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享,仅供参考学习,欢迎大家一起交流学习。
代码及源数据获取:https://github.com/wzsBio/code

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