今日启明星︱在交叉学科前沿领域探索有成的星友：陶飞

上海交通大学生命科学学院 研究员

陶飞1983年生于安徽宿州。父母均务农，父亲还祖传习得一门木匠手艺。“耕地的犁在木匠活中是公认的高难度手艺活，只有我爸能做，他做的犁用来耕地省力，甚至周边几个县都有人慕名而来。”尽管这一绝活随着拖拉机时代到来慢慢失传，但说起父亲的木匠活，陶飞印象深刻：“从小我就是父亲的帮手，帮他拉锯，钻孔时拉钻，耳濡目染。我自己也能干一点小木匠活，比如三四年级时就用木头做成了一个可以打开的储蓄罐。当时我也是偷偷学偷偷干，父亲不支持我，要我多读书。但父亲看到我做的小储蓄罐蛮像样的，也很欣慰。这些儿时习得的能力与后来自己动手做实验装置很有关系。”

说起儿时生活和能力的培养，陶飞说自己小时候特别喜欢观察。“小时候没有见识过拖拉机、汽车，一听到拖拉机进村就会追着拖拉机跑，只要拖拉机一停下来就会围着看，看它的轮子、马达，有机会就爬上去坐一坐。”陶飞大约7岁时，家里买了拖拉机，这可把他乐坏了，看了一遍又一遍，几乎把它的结构都记了下来。有一次家里的拖拉机出了故障，请了师傅来修，但修了半天还是不能开，师傅也找不出原因。师傅走后，陶飞跑过去对爸爸说可能是离合器装反了，上次看到的不是这样的。陶爸死马当活马医，父子俩拆下来一试，果然装反了。“这也是我的观察能力帮了忙，如果没有这种能力，科研中很多事就会做不好。”

但是这种可贵的观察能力、动手能力没给刚上学的陶飞带来好处，相反，因为花了太多时间玩，不喜欢做作业，他上学后的成绩一直不好，最差的时候是在班里倒数第三名，老是挨老师批评，家人都认为他不是读书的料。但是，不愿意循规蹈矩学习的陶飞却喜欢摆弄各种机械，喜欢玩自行车，拉煤的平板车都会成为他喜欢玩的对象。两个姐姐的物理课本他看后觉得好玩，课本上讲到电动机怎么运转马上吸引了他，他就想手工去做电动机——按照书本的讲解把电器上的铜丝拆下来绕线圈做电动机。而当时家里人对他热衷动手都是反对的，在不少人眼里，陶飞就是一个不好好学习的学渣，甚至当时所有的老师同学都认为这个孩子日后难以在学习上有什么出息。这种状态一直维持到初一。

初二时，学校开了陶飞喜欢的物理课。这些物理课本上的内容陶飞都看过，一考试就感觉这些题目都会做，他的物理成绩居然是全班一二名。班主任像是发现了人才。但是班主任对他说只是物理好，其他科目这么差是不行的。后来发生的一件事深深触动了陶飞，他痛下决心，决定学好其他课。

初二的暑假，有一次陶飞在村里的池塘里玩水，池塘底部有很多取土留下的深坑，陶飞脚一滑就陷到坑里，周围也没有可以攀援的东西，脚不着地，感觉身子在下沉，拼命想呼救但一紧张已经叫不出声，只是手还在拼命动，也就几秒钟水就没过他的头。这是濒临死亡的一瞬，那种无助绝望的感觉令他至今历历在目。

幸好当时不远处有一位成年人发现了他，并把他救了上来。“这几秒钟里于我像是跨越了阴阳两个世界。”这次“死而复生”的经历让陶飞突生一种顿悟——死亡离一个人并不远。他想起了爷爷和老师的话，要么做木匠，要么下决心好好学习。他从那天起内心突然生出了一种悲壮的情绪——人活在世上，时间非常有限，要做有意义的事。“也因为在死亡边缘上逗留过，我便生出了一种不怕死和敢拼的劲头，愿意不计代价、不考虑回报地去付出努力。”

从那以后陶飞就像换了一个人，他用自学的方式把初一、初二的语文课本都重新学了一遍，初一到初二的英语课本也都重新背过，而这两门课是他当时最差的。“那段时间经常学到凌晨两点，然后早上七点起床上学。除了刻苦努力，方法上也有一些改进，如每天写日记、与同桌进行背书比赛等。”花了整整一年时间，陶飞把前面两年的课恶补回来，原来一年用不完一支笔芯，最后一年用了几十支，成效非常明显，初中的毕业考试考了全乡第一名，上了县城的省级示范中学。这种不松懈的状态一直维持到高中，高中也一直保持着班级前几名。

高考时，陶飞身体状况不好，考完试当晚就发高烧到42度。尽管最后分数超过了重点线，但是离陶飞理想中的中国科技大学还有距离，考虑到家庭经济等原因，他最后选择了山东大学，被生命科学学院制药工程专业录取。

陶飞在山东大学读了9年，从本科到博士毕业。本科的专业偏药学，大三时他进了许平老师的实验室。之前有一次在校车上，有一位女老师与陶飞聊天时提醒他现在起就要考虑今后要做什么，不能只是埋头读书。陶飞至今很感激这位老师的点拨，这也是他大三就进实验室的原因。初进实验室的陶飞，满眼看到的都是神奇的东西，眼界大开。许平老师让他跟着学做燃油生物脱硫的实验，这也成了他博士阶段的研究课题。

大四毕业时，陶飞就取得了创新的阶段性成果，博二时在领域内主流杂志发了文章，拿了奖学金。陶飞说许平老师很开明，给了非常大的自由度，他尝试做了很多基因组操作相关的挑战性课题。尽管这些探索大都没有结果，但却从中积累了不少方法，也了解了学科前沿。

陶飞是幸运的，他读博的那几年正是合成生物学处在孕育突破的前夜。陶飞那些天马行空的探索性工作也为他以后进入这个领域打下了基础。2007年，许平老师作为微生物领域的知名科学家被上海交大引进，需要在交大建立新的学科方向，陶飞作为许平团队主要成员，在博士毕业后，也就是2010年，跟着许老师入职上海交大。

陶飞与宰建陶合作做实验

来交大后，许老师就以陶飞为助手建立了工业微生物-合成生物学方向。陶飞2011年拿到了国家自然基金委的青年项目，这也是基金委支持的第一批合成生物学的方向。陶飞当时的方向就是改造微生物用于生产各种化合物，也就是现在说的“细胞工厂”。

其中改造光合蓝细菌以光能和二氧化碳生产各种有用化合物的内容就是现在比较热门的“光驱动细胞工厂”方向。要设计细胞使其合成化合物最大的障碍就是细胞的代谢网络过于复杂，其复杂程度不亚于人的神经网络，但是现有的认识十分有限，想要理性干预细胞代谢网络几乎无从下手，且工作量非常大。在没有方法上的突破前，只能不断通过试错来慢慢摸索。

做了几年，到2014年，陶飞团队就提出能否换一种思路，找出代谢网络的关键“敏感点”，通过敏感点的干预和智能的设计来操纵代谢网络。这样就提出了一种智能代谢重编程的概念，团队以此做尝试，并完成了一些比较成功的工作。2017年末，为了继续推进智能代谢重编程方向，陶飞申请了启明星课题，并于2018年获得了资助，支持他在这个方向继续探索。“这个40万的启明星项目对我们这些高校年轻教师而言特别可贵，它能让我定下心来，也逼着我去把好的想法一步一步做下去。

正是有了启明星计划的牵引，我才能在这个方向上继续做系统的工作。后面以这个方向的研究为基础，2019年我又申请到国家重点研发计划青年科学家项目，2020年申请到青年长江学者奖励计划。”陶飞告知，解析细胞代谢网络的工作仍在推进中，并且已开始和人工智能合在一起。代谢网络可以看成一个超级复杂的黑箱，解决黑箱问题正是人工智能所擅长的工作。有了人工智能的加持，也许可以在不详细了解代谢网络内部机制的情况下，预测和判断给定条件下代谢网络的性质，比如产物浓度、生产效率等。尽管现在还在过程中，但陶飞认为已经离破解细胞代谢网络之谜不远了。

在交大工作的过程中，陶飞在2013年曾去麻省理工媒体实验室比特原子中心做了一年访问学者，参与了蛋白质工程和提高蛋白质稳定性的膜蛋白工作。MIT的媒体实验室是世界知名的交叉学科研究先驱，计算机、互联网、机器人、生物、艺术等学科在这里都可以做大跨度的融合。实验室的开放式设计及独居匠心生活区布置非常方便研究人员交流探讨。也是在那里陶飞的学科交叉的思想被进一步训练激发出来。

陶飞在MIT

2014年回到交大后，他就想做一些跨学科的探索但一直找不到合作机会。2018年国外有学者提到过半导体合成生物学的概念，陶飞马上意识到做生物传感——特别是气味传感——是切入半导体合成生物学的契机，恰好当时在启明星颁证交流会上遇到做纳米技术研究的宰建陶星友，就开启了合成生物学与纳米学科交叉的研究历程。

-本文选自《世界科学》杂志2022年第1期“今日启明星”栏目-

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