查看原文
其他

[搬运工] 巴塞尔报告(第十四期,by Nekromanzer)

拍老师 拍帮主的后花园 2023-10-24
各位晚上好,
本期的《巴塞尔报告》,又由微博老铁@Nekromanzer老师搬运,鸣谢!
照惯例,格式有微调。
上集请见:《巴塞尔报告,第十三集》




第一部分,宏观趋势,XBB*愈发稳固的支配地位
XBB*称霸全球的趋势仍在继续,
非XBB*株从2月底的30-35%到3月底的15-20%,再到4月底就只剩5-10%了。

不光如此,顽固的东亚怀旧服也被XBB*攻克了,无论是在国内、日本还是韩国都是如此,要知道上一期巴塞尔报告中,这三个地方的非XBB*毒株仍占相当大的比例。
↑ 以上是cov-spectrum平台用!XBB*(非XBB家族毒株)查询得到的各地近6月测序中非XBB*的占比。
可以看到,不管是哪个大区玩得哪个服,最后统统都被XBB*给合并了。
除了大洋洲尤其是纽村在4月初非XBB*还有40%左右的占比,其它地区都已经跌到20%以下了。



第二部分,非XBB*的顽固分子们

BN.1* (=BA.2.75.5.1*) '九头蛇/Hydra'
目前只有国内的BN.1*逆时上扬,近期达到了4%的占比,但是XBB*的增速要远比它快。此前的东亚其它怀旧服中(日韩)BN.1*能够占有一席之地,但是近期被XBB*打得丢盔弃甲。
其中值得注意的是在国内的FR.1 [即BN.1.2.3加上额外的S:K187E(A22121G)]。

CH.1.1* (=BM.4.1.1.1.1*=BA.2.75.3.4.1.1.1.1*) '暮光双头犬/Orthrus'
目前仍在欧洲和大洋洲流行,尤其是纽村和丹麦。
其中值得注意的是FK.1* [即CH.1.1.17加上额外的S:D215G(A22206G), S:Q613H(G23401T)],在土澳、纽村和丹麦的势头都不错。

BA.2.3.20* '蛇尾鸡/Basilisk'
此前盘踞菲律宾,不过没有那里近期的数据。
其中值得注意的是FV.1 [即CM.8.1.1加上额外的S:K147N(A22003T), S:R346T(G22599C), S:G446S(G22898A), S:F486S(T23019C)],在东亚以及东南亚有上升的趋势,不过市占率还不高。

XBC*
还在流行的两款德尔塔克戎之一,在菲律宾与土澳较为常见。
其中值得注意的是XBC.1.6 [即XBC.1加上额外的S:R346S(A22600T), S:L452R(C22916A, T22917G)],不过暂时没有大规模从土澳输出的迹象。

XAY*
另一款流行的德尔塔克戎,南非出品(不过在原产地已经消失),在德国和丹麦站稳了脚跟。
其中值得注意的是XAY.1.1*,它同样具有S:L452R(C22916A, T22917G), F486P(T23018C, T23019C),以及S:R346T(G22599C),
在德国一直能够维持1%左右的占比,全球各地偶有发现,但是似乎没有增长的趋势。

BA.5*
包括BF*和BQ*在内,BA.5*继续下滑的趋势。

↑ 非XBB*死硬派们的地区流行率以及全球占比。



第三部分,XBB*之大乱斗
S:F486P强者之证
S:F486P已经快要成为XBB*的身份象征,现在XBB*中不带这个突变的几乎没有呼吸权。

不少XBB*的子系通过种种方式独自获得了这个突变,取得了对其它分支的相对增长优势。

第一个拾取绑定这个突变的是XBB.1.5*,取得了巨大的成功,不过它的市场份额正在受到挑战。
XBB.1.9.1*与XBB.1.9.2*和XBB.1.5*相比有一定的增长优势,它们的刺突蛋白几乎没有区别(换句话说就是这个优势大概率来自于非刺突蛋白基因突变,比如ORF9b:I5T(T28297C))
XBB.2.3*相对于XBB.1.5*也有一定的增长优势,不过XBB.2*的刺突蛋白带的是S:D253G(A22320G)而不是XBB.1*上带的临近位点上的S:G252V(G22317T),除此之外XBB.2.3*还带有S:P521S(C23123T)。

S:T478R仍在增长
尽管XBB* + S:F486P的组合已经非常给力了,不过附带了S:T478R(C22995G)的分支仍然能有显著的增幅,

从一月初仅1%的XBB*带有这个二次突变(从O株的S:T478K(C22995A)再到478R),到现在大约1/3的XBB*带有它~

比如:

  • XBB.1.16* 额外带有S:E180V(A22101T)
  • XBB.2.3.8* 与 XBB.2.3.11*
  • EG.2 (XBB.1.9.2.2)
  • XBB.1.5.28

    S:F456L具备潜力
    根据深度突变扫描(DMS)的试验结果,预计S:F456L(T22928C或T22930A)会为XBB*提供额外的免疫逃逸能力,尽管近期的增幅不如S:T478R来得大。

5月初大约有5%的XBB*携带了这个突变,包括:
  • FD.1.1* (XBB.1.5.15.1.1*,主要在加麻大)
  • XBB.1.5.10*
  • XBB.1.5.59*
  • FE.1* (XBB.1.18.1.1*,主要在巴西)
  • EG.5* (XBB.1.9.2.5*,主要在印尼和国内)

    目前尚不清楚S:F456L与S:T478R加在一起是否能产生>2的效果,
毕竟具备XBB* + S:F486P + S:F456L + S:T478R这样的豪华套餐的序列目前仅测到38条,主要都来自XBB.1.16.6。

其余带有小幅增益的突变
  • S:Q613H(G23401T),已经占据了约10%的XBB*,以及5%左右的XBB*+S:F486P;
  • S:P521S(C23123T),作为XBB.2.3*的定义之一,已经占据了约5%的XBB*份额;
  • S:L455F(G22927T)与S:F456L(T22928C/T22930A)的组合具备相当大的潜力,刚刚光速得到命名的XBB.1.5.70已经在巴西强势增长。

拍老师的画外音:最近巴西东北部某些地区正在发生“流感样综合征”大爆发,部分城市已出现ICU爆满和医用氧气短缺,需要动用海军从其他地区紧急运送氧气。而XBB.1.5.70刚好就有可能起源于这些地区。由于巴西已几乎不检测,所以暂时没法实锤这两个情况相互有没有关联。

——各个可能带来增益的突变的比较:



——附赠福利,众多的XBB*之间区分的方法之韦恩图:

——附赠福利,众多的XBB*之间区分的方法之特征定义突变列表:

以上!感谢Nekromanzer老师的辛苦搬运!



欢 迎 关 注

公众号大号(停机保号ing):
公众号小小号(待机ing):

知乎 & 微博同名:

小红书号:9692063824



外 快 专 区
知识星球
https://t.zsxq.com/07c3Cnty5

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存