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R绘图模板——散点+箱线图+小提琴图+辅助线+显著性!

王志山 科研后花园 2023-09-08
 

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1、设置工作环境并加载所需R包:

rm(list=ls())#clear Global Environmentsetwd("D:/桌面/散点+箱线图+小提琴图+辅助线+显著性")
#加载包library(ggplot2) # Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphicslibrary(ggsignif) # Significance Brackets for 'ggplot2'library(gghalves) # Compose Half-Half Plots Using Your Favourite Geoms

2、加载绘图数据(根据原文图片随机编写数据,无实际意义):

#加载数据df <- read.table("data.txt",header = 1)df$group <- factor(df$group,levels = c("A","B","C","D"))

3、绘图:

##绘图ggplot(df,aes(group,value,fill=group))+ geom_half_violin(position = position_nudge(x=0.25),side = "r",width=0.8,color=NA)+ geom_boxplot(width=0.4,size=1.2,outlier.color =NA)+ geom_jitter(aes(fill=group),shape=21,size=2.5,width=0.2)+ geom_hline(yintercept = 0, linetype = 2, color = "red",linewidth=1)+ geom_hline(yintercept = 80, linetype = 2, color = "red",linewidth=1)+ geom_signif(comparisons = list(c("A","B"), c("A","C"), c("C","D")), map_signif_level = T, test = t.test, y_position = c(100,120,130), tip_length = c(0,0,0,0,0,0), size=1,color="black",textsize = 7)+ scale_y_continuous(limits = c(-20,140),breaks = c(0,40,80,120))+ theme_bw()+ theme(panel.grid = element_blank(), panel.border = element_rect(size = 1), axis.text.x = element_text(color = "black", size = 13), axis.text.y = element_text(color = "black",size = 13), legend.position = "none", axis.ticks = element_line(color="black",linewidth = 1))+ labs(x=NULL,y=NULL)+ scale_fill_manual(values = c("#5cc3e8","#ffdb00","#79ceb8","#e95f5c"))

PS: 以上内容是小编个人学习代码笔记分享,仅供参考学习,欢迎大家一起交流学习。


代码及数据获取:

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