不会用代码做RDA分析？没关系，Canoco软件帮你实现！

Original 王志山科研后花园 2023-09-08

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“科研后花园”

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RDA分析对于生态学领域和环境科学领域的老师及同学来说是比较常见的一种分析，至于其原理和具体作用，大家可自行检索，这里不做过多赘述。小编之前也给大家写过一篇基于R语言进行RDA分析的教程：

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——RDA分析

这期推文对于不懂代码的同学来说可能更实用，就是给大家写一期使用Canoco软件进行RDA分析的教程（软件此公众号不提供安装包，大家自行下载安装），废话不多说，搬好小板凳准备开始：

1、数据准备：

主要是两个excel表格，这里我们以微生物组数据分析为例，准备一个微生物的OTU特征表以及一张环境因子的数据表：

2、导入数据（主要介绍excel导入方式）： 通过File选项点击Import project，选择from Excel选项，弹出界面中点击add files，选择准备好的两个表格（可多选），然后点击Next，弹出界面中Selected worksheets will define选项选择2，然后就是对于两张表中的数据进行选择，告诉软件哪一张是物种表，哪一张是环境因子表格，具体才做如下。

3、RDA分析：
完成上述表格导入过程后，最后会弹出一个界面，通过这个界面可以快速进行后续分析（未弹出此界面，大家可在功能栏中找到Analysis选项进行分析的选择，这里不做赘述）。

弹出界面中选择第三个选项（第二个好像也可以，小编还在探索中），点击Yes会弹出一个新的界面，保持默认（环境因子数据无漏情况下），点击Next后选择RDA分析，其他默认，点击Next，后续弹出界面全部保持默认，完成后会弹出一个新的界面，选择Ye后弹出一个Candidate Terms界面，这里需要大家一直点击Include选项，直到弹出新的界面，一直保持默认选项直到Finish。

分析完成后，会生成三个新的页面：Summary、Graph1和Graph2：

4、图形美化： Canoco软件提供了最基础的图片颜色、字体、页面大小、填充色等功能，通过调整最终可以得到如下图片（大家感兴趣可自己探索一下）：

5、图片保存：
1）直接粘贴进行word等文件中：

2）保存成png、pdf等常见格式！

PS: 以上内容是小编个人学习笔记分享，仅供参考学习，欢迎大家一起交流学习。

测试数据获取：

夸克网盘（手机端下载夸克APP进行搜索提取）：

链接：https://pan.quark.cn/s/4709908b035f

提取码：bv74

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